- Môi trường pháp lý cho hoạt động thanh toán TDCT chưa hoàn thiện. Hiện nay, chúng ta mới chỉ có quy định cho phép áp dụng tập quán quốc tế với điều kiện tập quan đó không trái với pháp luật Việt Nam và không làm tổn hại tới lợi ích của các bên phía Việt Nam. Chưa ban hành cụ thể các văn bản dưới luật quy định rõ ràng, cụ thể quyền hạn, trách nhiệm và lợi ích của các bên tham gia. Khi tranh chấp xảy ra, trọng tài quốc tế có thể phản quyết đối với quan hê hai bên mua bán mà không hề đề cập đến quan hệ chi trả giữa các ngân hàng. Đôi khi gây tổn thất cho ngân hàng.
- Chính sách thương mại chưa ổn định gây khó khăn cho ngân hàng cũng như các doanh nghiệp XNK khi tham gia thanh toán TDCT. Ví dụ như các mặt hàng tháng trước cho XK, tháng sau lại hạn chế hoặc những mặt hàng cho NK rồi lại cấm khiến nhiều doanh nghiệp rơi vào tình trạng tiến thoái lưỡng nan, có khi không đáp ứng được theo đúng yêu cầu của đối tác nước ngoài.
- Biểu thuế thường xuyên thay đổi gây khó khăn cho doanh nghiệp trong việc tính toán hiệu quả sản xuất kinh doanh, lợi nhuận bị thay đổi khi biểu thuế điều chỉnh. Thường gây ra những ảnh hưởng xấu tới hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp khiến khả năng thanh toán L/C khi đến hạn không thực hiện được cho ngân hàng.
- Thủ tục hành chính trong quản lý XNK khẩu còn rườm rà, mất nhiều thời gian, gây phiền toái thậm chí còn làm lỡ nhiều cơ hội nhiều cơ hội kinh doanh của doanh nghiệp và ngân hàng.