Các chủ đầu tư là người quản lý, sử dụng công trình, sở hữu vốn đầu tư hoặc là người được giao quản lý và sử dụng vốn để ĐTXD, đồng thời trực tiếp quản lý điều hành các dự án ĐTXD, từ khi xin chủ trương đến việc lập dự án đầu tư, thiết kế bản vẽ thi công, dự toán, tổ chức thực hiện xây lắp công trình và việc quyết toán hoàn thành công trình đưa vào khai thác sử dụng. Do đó, chủ đầu tư phải là người chịu trách nhiệm toàn diện đối với dự án đầu tư do mình đề xuất và quản lý. Trên thực tế trình độ năng lực quản lý dự án của các chủ đầu tư, các ban quản lý dự án (là người đại diện chủ đầu tư, giúp chủ đầu tư thực hiện các công việc thuộc trách nhiệm quản lý của chủ đầu tư; thay mặt chủ đầu tư giám sát thực hiện các nội dung công việc, thuê tư vấn, đơn vị thi công và giám sát việc thực hiện các quy định về quản lý ĐTXD) chưa đáp ứng được công việc được giao, chưa làm tròn chức năng, nhiệm vụ ở một số khâu như chuẩn bị đầu tư, thực hiện đầu tư, nghiệm thu đưa công trình vào sử dụng... Một số chủ đầu tư cung cấp các số liệu, lập đề bài, giao nhiệm vụ để tư vấn thiết kế thực hiện còn thiếu chính xác hoặc thả nổi, mặc đơn vị tư vấn lo liệu. Việc nghiệm thu đầu vào của các loại vật liệu đưa vào công trình chưa thực hiện đúng quy định [37, tr.4]. Đặc biệt do năng lực và trách nhiệm của chủ đầu tư, ban quản lý còn yếu, chưa đáp ứng được yêu cầu nên đã hầu như khoán trắng mọi việc thuộc trách nhiệm của mình cho các đơn vị tư vấn hoặc đơn vị thầu xây dựng, chủ đầu tư chỉ việc ký vào dự án và các văn bản trình duyệt là xong, dẫn đến tình trạng chủ đầu tư không quản lý một cách
chặt chẽ, sâu sát, kỹ lưỡng các giai đoạn của dự án, làm giảm hiệu quả đầu tư hoặc gây TTLP vốn đầu tư.
Nhìn chung phần lớn các công trình xây dựng, đặc biệt là công trình có quy mô nhỏ, đều do chủ đầu tư trực tiếp quản lý thông qua ban quản lý dự án. Bộ phận quản lý dự án thường là cán bộ kiêm nhiệm trong thời kỳ ĐTXD, trực tiếp điều hành quá trình thực hiện dự án theo tình hình thực tiễn của mình, sử dụng bộ máy sẵn có phục vụ yêu cầu của dự án, sau đó bố trí sử dụng hầu hết chuyên viên điều hành dự án vào khai thác sử dụng khi kết thúc đầu tư. Hình thức này chứa đựng những nhược điểm do cán bộ quản lý không chuyên nghiệp, không nắm vững trình tự, thủ tục, kỹ thuật xây dựng, nên thường không làm đầy đủ chức năng của Ban quản lý dự án, dễ bỏ sót trình tự trong quản lý, giám sát xây dựng hoặc gây ách tắc làm chậm tiến độ xây dựng, đặc biệt là không giám sát chặt chẽ chất lượng công trình, nên nhiều công trình thi công không đúng thiết kế hoặc chất lượng kém vẫn được nghiệm thu thanh toán. Năm 2005, qua kiểm tra 109 công trình xây dựng cho thấy, có tới 41% Ban quản lý dự án của chủ đầu tư không đủ năng lực chuyên môn để thực hiện nhiệm vụ điều hành dự án; 62,65% công trình còn có khuyết điểm về chất lượng thi công cần phải xử lý, khắc phục. Riêng giá trị thu hồi do vi phạm chính sách, chế độ tại các công trình xây dựng ở Thanh Hoá được thanh tra năm 2005 là 569 triệu đồng. Năm 2007 tỉnh Thanh Hoá yêu cầu xử lý 07 công trình không đảm bảo chất lượng.