Trong quá trình chuyển từ cơ chế quản lý tập trung, quan liêu bao cấp sang cơ chế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa, hệ thống thể chế của Nhà nước đang từng bước hoàn thiện cho phù hợp với cơ chế mới. Tuy nhiên, một số cơ chế, chính sách pháp luật vẫn còn chậm được nghiên cứu ban hành hoặc đã ban hành nhưng chưa phù hợp với tình hình thực tế, chậm được sửa đổi và bổ sung; các quy định còn nhiều bất cập, thiếu đồng bộ, chưa hoàn thiện, còn nhiều sơ hở cho phép các đối tượng thoái hoá, biến chất lợi dụng. Trong các quy định hiện hành còn thiếu các chế tài cụ thể,
hoặc chế tài chưa đủ mạnh để xử lý các trường hợp phạm tội như quy định chọn nhà thầu có giá thấp nhất mà chưa quan tâm đến điều kiện năng lực thực hiện dự án; cơ chế, chính sách giá cả, chế độ đền bù, giải phóng mặt bằng, tái định cư còn nhiều bất cập nên ảnh hưởng đến tiến độ thực hiện dự án; thủ tục hành chính còn rườm rà, bất cập, trong quá trình thực hiện còn lúng túng; người có quyền quyết định về đầu tư lại không có quyền quyết định về tài chính, tình trạng “xin – cho” (xin vốn, xin chỉ tiêu, chạy vốn, chạy chỉ tiêu) gây nên tiêu cực tham nhũng trong ĐTXD rất nghiêm trọng; hệ thống tiêu chuẩn, chỉ tiêu, định mức kinh tế – kỹ thuật phục vụ quản lý ĐTXD, bao gồm cả quản lý quy hoạch, chuẩn bị đầu tư, thực hiện đầu tư mặc dù đã thường xuyên được nghiên cứu, sửa đổi nhưng vẫn còn thiếu, có khi không đáp ứng kịp với sự thay đổi của cơ chế thị trường, chưa phù hợp với thông lệ quốc tế.
Về công tác quy hoạch, kế hoạch: Thiếu các văn bản pháp lý để quản lý nhà nước về quy hoạch. Công tác quy hoạch chưa đi trước một bước, tầm nhìn ngắn, thiếu tính chiến lược, chưa đánh giá hết các yếu tố khách quan và quy luật thị trường nên tính định hướng của quy hoạch còn yếu, thiếu tính thừa kế nên chất lượng quy hoạch thấp, tính thực tế không cao, quy hoạch không mang tính tổng thể, thiếu lộ trình thực hiện, quy hoạch không gắn với kế hoạch bố trí vốn. Đa số các công trình giải quyết mang tính tình thế, cần đến đâu phát triển đến đó, trong khi nguồn vốn đầu tư có hạn, bố trí đầu tư dàn trải dẫn đến tình trạng kéo dài thời gian thi công ở hầu hết các công trình, thiếu sự liên kết chặt chẽ giữa quy hoạch phát triển ngành với tổng thể phát triển kinh tế – xã hội. Tình trạng quy hoạch sai, quá sơ sài, “quy hoạch treo”, chồng chéo, mang tính cục bộ, khép kín đã gây nên nhiều lãng phí. Nhiều dự án đầu tư không có quy hoạch, không đúng quy hoạch phải phá đi làm lại, phải di chuyển, gây lãng phí lớn. Công tác điều tra cơ bản sơ sài, chưa đủ thông tin phục vụ công tác quy hoạch. Công tác thẩm định, kiểm tra, giám sát thực hiện quy hoạch còn hạn chế. Chủ trương đầu tư thường từ ý muốn áp đặt chủ quan, động cơ cá nhân thành tích của lãnh đạo, thấy nơi khác làm mình cũng làm. Công tác quy hoạch chưa được quan tâm đúng mức, vốn bố trí cho công tác quy hoạch còn quá nhỏ bé. Việc chủ trương đầu tư được quyết định quá chậm khiến cho việc triển khai lập dự án sau này thiếu thời gian. Quyết định
chủ trương là khâu quan trọng bậc nhất nhưng chưa quy tụ được những người có hiểu biết, có kinh nghiệm tham gia.