Bên cạnh những thành tựu đã đạt được , thì công ty xây dựng 123 vẫn còn những tồn tại ảnh hưởng đến khả năng thắng thầu của công ty. Một sỗ những nhược điểm chính có thể nêu ở đây là:
Năng lực của công ty chưa đáp ứng được yêu cầu của nhiều dự án ( gói thầu ) lớn, phức tạp, yêu cầu kỹ thuật cao… nên nhiều gói thầu chủ đầu tư đánh giá năng lực của công ty thấp Điểm năng lực thấp trượt thầu.
Công việc thu thập thập thông tin còn bộc lộ sự thiếu sót: Chưa tập trung khai thác thông tin, khi có thông tin thì chưa phân loại rõ các đối tượng,
tính chất công trình để từ đó có kế hoạch dự thầu đạt kết quả, tránh việc chạy theo số lượng tham gia nhiều gói thầu gây lãng phí không cần thiết.
Công tác lập hồ sơ dự thầu chưa diễn ra một cách thực sự chặt chẽ và có hệ thống. Tuy có tuân theo quy trình các bước nhưng trên thực tế công việc cụ thể của từng bước đã được nhận thức nhưng chưa được thực hiện. Quá trình đề ra các biện pháp tranh đấu còn thụ động, chưa thực sự quan tâm đến việc đưa ra các giải pháp kỹ thuật hợp lý, mang tính độc đáo nhằm tăng cường khả năng cạnh tranh trong đấu thầu.
Giá bỏ thầu nhiều khi không hợp lý ( quá cao nhiều khi lại rất thấp ) ảnh hưởng đến hiệu quả của công ty. Điều này là kết quả thiếu xót của nhiều yếu tố trong cả quy trình lập hồ sơ dự thầu tạo nên; như thông tin giá cả nhân công, nguyên vật liệu… không sát với thực tế, khảo sát công trình chưa kỹ…
Đi vào chi tiết những mặt hạn chế của công ty như sau: