Đẩy mạnh triển khai chế độ kế toán đối với các doanh nghiệp NQD đặc biệt là đối với các doanh nghiệp mới thành lập, đảm bảo 100% doanh nghiệp đều thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn chứng từ và kê khai nộp thuế theo quy định.
Kết hợp kiểm tra kê khai nộp thuế, kiểm tra quyết toán thuế với kiểm tra việc thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn chứng từ phát hiện và xử lý các doanh nghiệp vi phạm chế độ kế toán, hóa đơn chứng từ, những doanh nghiệp khai khống giá mua hàng, bán hàng không lập hóa đơn hoặc lập hóa đơn nhưng ghi giá thấp hơn giá thực tế thanh toán nhằm mục đích trốn lậu thuế. Nếu kiểm tra phát hiện được các vi phạm phải kiên quyết áp dụng biện pháp ấn định giá để tính thuế. Tất nhiên biện pháp này không thể thực hiện tùy tiện, không được sử dụng như một mục đích để tăng thu.
Qua kiểm tra quyết toán thuế và kiểm tra kê khai nộp thuế, nếu qua thực tiễn công tác thấy doanh nghiệp có dấu hiệu kê khai không trung thực hoặc có nghi vấn trốn lậu thuế
thì báo cáo lãnh đạo Cục thuế tiến hành kiểm tra thực tế hoặc xác minh hóa đơn, nếu phát hiện vi phạm thì tùy theo mức độ vi phạm mà xử phạt vi phạm hành chính, truy thu thuế hoặc ấn định mức thuế phải nộp cao hơn mức kê khai sát đúng với thực tế kinh doanh của cơ sở.
Đối với những doanh nghiệp Cục thuế đã phân cấp cho Chi cục thuế quản lý, các Chi cục thuế phải hướng dẫn và kiểm tra doanh nghiệp thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn chứng từ và kê khai nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ. Không được áp dụng hình thức thu thuế khoán. Trường hợp doanh nghiệp vi phạm chế độ kế toán, hóa đơn chứng từ, vi phạm chế độ kê khai phải phạt vi phạm hành chính và ấn định mức thuế phải nộp. Đối với các doanh nghiệp NQD do Chi cục thuế quản lý thu, để tiện việc theo dõi và quản lý các Chi cục nên bố trí bộ phận cán bộ quản lý thu phù hợp, không nên để doanh nghiệp ở địa bàn phường, xã nào đội thuế phường, xã đó quản lý sẽ dẫn đến khó khăn cho quá trình tổ chức quản lý thu cũng như việc đánh giá kết quả 3 tháng, 6 tháng, 1 năm.