Việc quy định 2 phương pháp tính thuế gây phức tạp cho kiểm soát nguồn thu thuế GTGT. Do vậy, trong thời gian tới cần sửa đổi phương pháp tính thuế theo hướng một phương pháp là phương pháp khấu trừ thuế. Để có thể tiến đến áp dụng một phương pháp tính thuế, cần thực hiện các biện pháp sau:
- Phân loại các hộ kinh doanh tư nhân có quy mô nhỏ, thu nhập thấp đưa ra khỏi diện phải nộp thuế GTGT. Quy định mức doanh số để xác định đối tượng là hộ kinh doanh nhỏ. Đối với đối tượng này chuyển sang áp dụng nộp thuế theo mức tỉ lệ % ấn định trên doanh thu.
- Thực hiện chế độ kế toán đối với các hộ kinh doanh có quy mô lớn để chuyển dần các đối tượng này sang áp dụng tính thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế.
- Đối với các doanh nghiệp, hợp tác xã bắt buộc thực hiện chế độ kế toán, hoá đơn chứng từ để làm căn cứ tính thuế theo phương pháp khấu trừ.
Đến giai đoạn 2005 - 2010, việc tính thuế chỉ thực hiện một phương pháp duy nhất là khấu trừ thuế.
Đối với việc sử dụng hoá đơn, Nhà nước cần áp dụng các biện pháp sau:
- Trong giai đoạn 2001 - 2005, các đối tượng nộp thuế theo phương pháp khấu trừ phải sử dụng hoá đơn GTGT. Đối với các hộ kinh doanh lớn tính thuế theo phương pháp trực tiếp, các hộ kinh doanh nhỏ nộp thuế theo mức thuế ấn định thì sử dụng hoá đơn bán hàng không ghi thuế GTGT. Đến cuối giai đoạn này, khi các hộ kinh doanh lớn đã chuyển sang thực hiện chế độ kế toán và tính thuế theo phương pháp khấu trừ cũng phải sử dụng hoá đơn GTGT. Đồng thời, Nhà nước cần quy định doanh nghiệp tự phát hành hoá đơn vào cuối giai đoạn này.
- Đối với việc sử dụng hoá đơn tự in, Nhà nước cần quy định thống nhất các nội dung trên tờ hoá đơn và nghiêm cấm không khấu trừ các hoá đơn không đúng theo mẫu quy định. Đối với các doanh nghiệp cho lưu hành các hoá đơn không đủ yếu tố theo quy định, Nhà nước cần có quy định phạt tiền với mức độ nặng, đủ răn đe. Các doanh nghiệp tự chịu trách nhiệm về việc quản lý hoá đơn do mình phát hành. Nhà nước cũng quy định trách nhiệm của doanh nghiệp khi làm mất hoá đơn và trách nhiệm của công ty in hoá đơn trong việc chống làm giả hoá đơn. Đặc biệt, đối với các hành vi làm giả hoá đơn, mua bán hoá đơn, Nhà nước cần đưa vào khung hình phạt của Bộ Luật Hình sự.
Giải quyết các vấn đề liên quan đến hoá đơn, theo tác giả cần đưa ra những quy định xử lý cụ thể. Đây chính là cái thiếu hiện nay của các quy định của pháp luật. Khi đã được quy định cụ thể, rõ ràng, hiện tượng thông đồng giữa các doanh nghiệp với nhau mua bán hoá đơn nhưng báo mất, ghi liên 1 khác liên 2 để trốn thuế, khấu trừ thuế sẽ được nghiêm trị, tạo ra sự trong lành cho môi trường kinh tế.