Hiện nay, quy trình quản lý thu thuế GTGT thực chất là quy trình tự tính, tự kê khai và nộp thuế vào Kho bạc. Quy trình này đòi hỏi tính tự giác cao của các doanh nghịêp trong việc thực hiện nghĩa vụ nộp thuế theo Luật định, đồng thời phát huy chức năng, quyền hạn của Cơ quan Thuế trong việc hành thu, áp dụng biện pháp xử phạt nghiêm minh đối với các trường hợp khai man trốn lậu thuế. Vì vậy, vai trò của công tác thanh tra thuế trở nên rất quan trọng. Nếu buông lỏng thanh tra, kiểm tra thuế sẽ có thể dẫn đến thất thu thuế, không ngăn chặn được các hành vi trốn lậu thuế. Khi áp dụng quy trình quản lý thu thuế với việc tự tính, tự kê khai và tự nộp thuế, ngành Thuế càng phải tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra.
Nhận thức được tầm quan trọng của công tác thanh tra, kiểm tra, Cục thuế Hà Nội đã triển khai việc thanh tra, kiểm tra thường xuyên, kiểm tra quyết toán thuế và kiểm tra sau hoàn thuế. Đối với công tác thanh tra thường xuyên, trong năm 2000 Cục thuế Hà Nội đã Thanh tra 62 doanh nghịêp quốc doanh, 197 doanh nghiệp ngoài quốc doanh, xác định số thuế phải nộp vào NSNN là 38,7 tỷ đồng, trong đó truy thu và phạt hành chính 27 tỷ đồng. Trong việc kiểm tra quyết toán thuế, Cục thuế Hà Nội đã kiểm tra 542 DNNN và 1.898 doanh nghiệp ngoài quốc doanh, sau kiểm tra quyết toán thuế khai thác tăng thu 174 tỷ đồng. Riêng đối với kiểm tra sau hoàn thuế, Cục thuế Hà Nội đã kiểm tra được 24 doanh nghiệp được hoàn thuế, sau kiểm tra phát hiện số thuế phải truy hoàn là 20 tỷ đồng. Qua kiểm tra phát hiện có 10 doanh nghiệp vi phạm chế độ hoàn thuế, đã xử lý phạt 99 triệu đồng.
Mặc dù vậy, những kết quả trên chưa phản ánh đúng thực trạng của việc vi phạm pháp luật thuế mà công tác thanh tra phải kiểm soát được. Thực hiện cải cách hành chính thuế, dần dần xoá bỏ chế độ chuyên quản nhưng các Phòng Quản lý thu thuế vẫn coi công tác thanh tra, kiểm tra là của Phòng thanh tra. Sự phối hợp giữa Phòng Thanh tra- Xử lý tố tụng với các Phòng Quản lý thu thuế chưa mạnh mẽ và thường xuyên. Cục thuế Hà Nội vẫn chưa xây dựng được kế hoạch kiểm tra, thanh tra một cách cụ thể cho từng phòng. Do vậy, trong năm 2000, kiểm tra quyết toán thuế, kiểm tra hoàn thuế, kiểm tra sử dụng hoá đơn chưa được thực hiện tốt, nhất là kiểm tra sau hoàn thuế là công việc rất mới và phức tạp, có thể có nhiều doanh nghiệp lợi dụng hoàn thuế để chiếm đoạt tiền của Nhà nước.
Mặt khác, vì bỏ chế độ chuyên quản nên việc nắm bắt thông tin về tình hình sản xuất kinh doanh, tình hình tài chính của các doanh nghiệp nhiều khi không được kịp thời, chính xác, ảnh hưởng đến việc đánh giá, phân tích về thuế đối với các doanh nghiệp, các khu vực kinh tế, đặc biệt là các đơn vị hạch toán toàn ngành, các Tổng công ty 90,91.
Về phương pháp kiểm soát thuế GTGT, hiện nay các cán bộ thuế vẫn sử dụng các phương pháp kiểm soát trên chứng từ là chủ yếu. Việc kiểm tra vẫn dựa trên tờ khai thuế GTGT do các doanh nghiệp tự kê khai là chính trên cơ sở đối chiếu trực tiếp với hoá đơn, chứng từ. Trên thực tế, để trốn thuế, doanh nghiệp hoàn toàn có thể hoàn chỉnh bộ chứng từ gốc gồm hoá đơn, chứng từ và sổ cái, sổ phụ, nhật ký chứng từ... với việc kê khai thuế GTGT. Do vậy, phương pháp đối chiếu trực tiếp không phát huy hiệu quả khi doanh nghiệp không kê khai doanh thu mua, bán hàng hoá. Để thực hiện triệt để chống thất thu thuế GTGT, ngành Thuế cần phải đối chiếu hoá đơn mua, bán hàng hoá của các doanh nghiệp có liên quan với sự trợ giúp của máy tính.
Về các dấu hiệu nghi ngờ vi phạm trên tờ khai thuế GTGT, hiện nay theo quy trình quản lý thu thuế thực hiện theo nguyên tắc: doanh thu tháng này tăng, giảm quá mức so với tháng trước; thuế phát sinh tháng này tăng, giảm quá mức so với tháng trước; thuế được khấu trừ quá lớn so với thuế đầu ra...Trong tình hình sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp có nhiều diễn biến phức tạp do thị trường, do sự thay đổi của cơ chế chính sách...như hiện nay thì những dấu hiệu vi phạm trên là quá cứng nhắc để cơ quan Thuế thực hiện kiểm tra, thanh tra đối với doanh nghiệp.
Việc xử lý vi phạm pháp luật về thuế hiện nay cũng còn rất nhiều điều cần bàn. Trước hết là do các quy định xử phạt hành chính, kinh tế và hình sự đối với các đối tượng nộp thuế chưa có tính răn đe mạnh. Và dường như các quy định về thuế chỉ chú trọng tới việc tháo gỡ khó khăn vướng mắc cho các doanh nghiệp, các ngành, các lĩnh vực mà chưa quan tâm tới việc chấp hành Luật thuế. Chẳng hạn, hiện nay quy định doanh nghiệp bị phạt nộp chậm 0,1% một ngày trên số tiền thuế chậm nộp theo thông báo thuế nhưng hầu như tất cả các quy định về thuế đều cho phép doanh nghiệp được điều chỉnh, bổ sung doanh thu, thuế phải nộp kê khai sót vào lần kê khai sau hoặc vào kỳ quyết toán thuế. Điều này đã tạo sơ hở để các doanh nghiệp lợi dụng kê khai thiếu thuế mà không sợ bị xử lý hành vi trốn, lậu thuế.
Bên cạnh đó, việc thực hiện xử phạt của Cơ quan Thuế trên những quy định xử lý hiện hành vẫn chưa thực sự nghiêm minh. Trong khi nạn sử dụng hoá đơn giả, mua bán hoá đơn đang trở thành quốc nạn của ngành Tài chính thì trên địa bàn Hà Nội, Cục thuế Hà Nội chưa có biện pháp để xử lý những vi phạm về sử dụng hoá đơn chứng từ, bán hàng không xuất hoá đơn, ghi giá trong hoá đơn thấp hơn giá bán thực tế... Việc xử lý các vi phạm khác về thuế như tính sai thuế suất, lập bảng kê khống, lợi dụng hoàn thuế để rút tiền Nhà nước chỉ được xử lý ở mức xử phạt hành chính, theo kiểu "gọi là có". Do vậy, những hành vi vi phạm Luật thuế xảy ra khá phổ biến, làm giảm ý thức tự giác nộp thuế của các đối tượng nộp thuế. Tất cả các hiện tượng trên đã và đang làm giảm tính hiệu lực của Luật thuế, cũng như chưa phát huy được quyền lực của Cơ quan Thuế với tư cách là một cơ quan công quyền để hoàn thành tốt nhiệm vụ được giao.