Như phần trước đã trình bày, Quy trình quản lý thu thuế hiện nay có những thủ tục rườm rà, chưa loại bỏ hoàn toàn tình trạng cán bộ chuyên quản thuế và việc ra thông báo thuế có nhiều vướng mắc. Do vậy, theo tác giả, cần hoàn thiện quy trình quản lý thu thuế theo hướng như sau:
Thứ nhất, là cần xoá bỏ triệt để chế độ chuyên quản thuế. Xoá bỏ chế độ chuyên quản thuế sẽ hạn chế thấp nhất tình trạng tiêu cực, thông đồng của cán bộ thuế với doanh nghiệp trong việc trốn thuế, tránh thuế. Tuy vậy, khi xoá bỏ chế độ chuyên quản thuế sẽ phát sinh nhiều vấn đề. Trong đó, ngành Thuế sẽ có thể không nắm được tình hình sản xuất kinh doanh, tình hình tài chính của doanh nghiệp để khai thác triệt để các nguồn thu cũng như giải quyết không thoả đáng những thắc mắc, khiếu nại về thuế của doanh nghiệp. Do vậy, khi xoá bỏ hoàn toàn chế độ chuyên quản thuế cũng phải kết hợp với biện pháp khác là tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra thuế, mặt khác trên góc độ pháp luật, ngành Thuế cần thành lập bộ phận độc lập để giải quyết những khiếu nại về thuế của đối tượng nộp thuế.
Thứ hai, là xoá bỏ chế độ ra thông báo thuế của Cơ quan Thuế. Việc xoá bỏ thông báo thuế không có nghĩa là làm giảm tính bắt buộc, tính pháp lý của việc nộp thuế, trái lại nó khuyến khích các doanh nghiệp tự nguyện tuân thủ nghĩa vụ nộp thuế. Mặt khác, bãi bỏ chế độ ra thông báo thuế còn làm giảm chi phí, nguồn lực cho Cơ quan Thuế.
Thứ ba, bên cạnh việc xoá bỏ thông báo thuế, ngành Thuế cần kết hợp cơ chế kê khai thuế đồng thời với việc thanh toán thuế. Cơ chế này tạo điều kiện cho việc thông báo thuế một cách tự động, đồng thời giảm bớt thủ tục cho doanh nghiệp khi kê khai và nộp thuế. Để thực hiện cơ chế này, ngành Thuế cần ấn định một ngày cụ thể trong tháng hoặc đầu tháng sau mà trước thời gian đó, doanh nghiệp phải nộp thuế vào Kho bạc Nhà nước. Điều này sẽ giúp doanh nghiệp chủ động trong việc thực hiện nghĩa vụ nộp thuế.
Thứ tư, trong giai đoạn 2001 - 2005, ngành Thuế cần rà soát lại toàn bộ các thủ tục hành chính thuế được quy định rải rác tại các Luật thuế, các văn bản dưới Luật để nghiên cứu xây dựng hệ thống thủ tục quản lý hành chính thuế thống nhất để đến giai đoạn 2006 - 2010, chính thức ban hành Luật về thủ tục hành chính thuế. Luật về thủ tục hành chính thuế sẽ có nội dung cơ bản là quy định cụ thể, chi tiết chức năng, nhiệm vụ, trách nhiệm
và quyền hạn của các cơ quan quản lý Nhà nước trong việc thực hiện nghĩa vụ nộp thuế của doanh nghiệp. Đồng thời, Luật này cũng quy định những thủ tục mà doanh nghiệp phải thực hiện khi kê khai và nộp thuế trong quy trình quản lý thu thuế. Với sự ra đời của Luật về thủ tục hành chính thuế, việc nộp thuế sẽ trở nên khách quan, công bằng đối với mọi doanh nghiệp và tạo ra sự bình đẳng giữa cơ quan quản lý Nhà nước về thuế với các doanh nghiệp trước pháp luật.
Thứ năm, quy trình quản lý thu thuế phải chú trọng tới việc phối kết hợp giữa các Cục thuế tại các địa phương .Sự phối kết hợp này cần phân định một cách rõ ràng các đối tượng chịu thuế và đối tượng nộp thuế, nhất là các doanh nghiệp hạch toán toàn ngành, các Tổng công ty thuộc đối tượng quản lý thu thuế của từng địa phương. Mặt khác, Quy trình quản lý thu thuế cũng cần quy định sự kết hợp giữa các Cơ quan Thuế ở các địa phương khác nhau trong việc thu thuế, phát hiện hoá đơn giả, mua bán hoá đơn, cũng như trong việc cưỡng chế thuế đối với các đối tượng nộp thuế.
Với những biện pháp nêu trên, Quy trình quản lý thu thuế sẽ từng bước được hoàn thiện, từ đó góp phần nâng cao hiệu quả của kiểm soát thu thuế GTGT.