GTGT từ các doanh nghiệp.
Theo cơ cấu tổ chức của Cục Thuế Hà Nội, các phòng Quản lý thu quốc doanh sẽ trực tiếp kiểm soát đối với các DNNN, các Công ty cổ phần và các Doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài. Các phòng Quản lý thu ngoài quốc doanh quản lý các Doanh nghiệp tư nhân và Công ty TNHH. Tất cả các cán bộ quản lý ở các phòng Quản lý thu quốc doanh đều có trình độ từ Đại học trở lên, vì vậy việc kiểm soát các nguồn thu, đặc biệt là nguồn thu từ thuế GTGT được thực hiện tương đối tốt. Việc kiểm tra, phát hiện những sai sót trong quá trình kê khai thuế, kiểm tra quyết toán thuế hàng năm đã làm tăng nguồn thu cho NSNN.
Tuy nhiên, việc kiểm soát nguồn thu Thuế GTGT từ các doanh nghiệp ngoài quốc doanh chưa được chặt chẽ. Bên cạnh việc ban hành QĐ1368, Bộ Tài Chính đã ban hành thông tư 110/1998-TT-BTC ngày 3/8/1998 sửa đổi về bộ máy Cục thuế nhằm tổ chức quản lý tập trung các doanh nghiệp, tổ chức nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ tại Cục thuế. Thực hiện nghiêm túc quy định này, các doanh nghiệp ngoài quốc doanh trước đây do các chi cục thuế quản lý đã chuyển về Cục thuế quản lý trực tiếp. Tuy vậy, trong quá trình triển khai thực hiện các Luật thuế mới, đặc biệt từ khi Luật doanh nghiệp được thực hiện thì số doanh nghiệp tăng lên rất nhanh. Do đó, số lượng các đối tượng nộp thuế do Cục thuế Hà Nội quản lý quá lớn, với 80 cán bộ ở 2 phòng quản lý thuế các
doanh nghiệp ngoài quốc doanh (trên 5.870 doanh nghiệp). Cán bộ thuế chỉ đủ thời gian để xét duyệt các tờ khai thuế và làm các thủ tục hành chính, không còn thời gian để thực hiện các khâu khác của quy trình quản lý thu thuế. Và đó cũng là nguyên nhân dẫn đến tình trạng là mặc dù sản lượng hàng năm của các doanh nghiệp ngoài quốc doanh tăng lên, mức đóng góp vào GDP của toàn Thành phố tăng lên nhưng do bị buông lỏng quản lý, kiểm soát thu thuế GTGT khu vực ngoài quốc doanh trên địa bàn Hà Nội chưa thực hiện tốt, từ đó dẫn đến kết quả thu thuế GTGT của các doanh nghiệp ngoài quốc doanh còn thấp, chưa đạt chỉ tiêu so với kế hoạch đã đề ra.