Thực chất của kiểm soát thu thuế nói chung, thu thuế GTGT nói riêng là giải quyết hài hoà mối quan hệ giữa các cơ quan quản lý Nhà nước trong lĩnh vực thuế (chủ yếu là ngành Thuế) với các đối tượng nộp thuế - các doanh nghiệp nhằm đặt các mục tiêu của quản lý thu thuế. Do vậy, giải pháp trước tiên cần phải nhằm giải quyết tận gốc mối quan hệ giữa Cơ quan Thuế với các doanh nghiệp. Hay nói một cách khác, phải xác định được mô hình quản lý thu thuế trong giai đoạn tới.
Qua 2 năm thực hiện Luật Thuế GTGT, mô hình quản lý thu thuế theo phương thức doanh nghiệp tự tính thuế, tự kê khai thuế và nộp tiền thuế vào Kho bạc Nhà nước về cơ bản đã thể hiện được đặc tính ưu việt của nó. Theo mô hình này, doanh nghiệp đã tự ý thức được nghĩa vụ của mình với Nhà nước, đã nâng cao được sự tự giác, tự nguyện. Mô hình này còn thể hiện được tính pháp lý của việc nộp thuế, theo đó doanh nghiệp không kê khai và nộp thuế cũng đồng nghĩa với việc vi phạm Pháp luật của Nhà nước. Chính vì vậy, trong giai đoạn tới, theo tác giả vẫn thực hiện theo mô hình doanh nghiệp tự tính, tự kê khai và nộp thuế vào Kho bạc Nhà nước. Tuy vậy, chúng ta cần hoàn thiện mô hình này để kiểm soát nguồn thu thuế GTGT thực sự đạt được hiệu quả cao. Mục tiêu của nghiệp vụ quản lý thuế trong giai đoạn tới là: thúc đẩy sự tuân thủ tự nguyện các quy định về thuế của đối tượng nộp thuế, tăng cường hiệu quả công tác quản lý thuế và công tác thanh tra, kiểm tra thuế, thực hiện tự động hoá công tác xử lý thông tin
thuế, phát hiện nhanh các trường hợp vi phạm về thuế nhằm hạn chế tình trạng trốn thuế, bảo đảm tăng thu cho NSNN. Với mục tiêu trên, phương hướng hoàn thiện mô hình này thể hiện chủ yếu trên những khía cạnh sau:
Thứ nhất, các doanh nghiệp và hộ kinh doanh lớn sẽ thực hiện việc tự tính, tự kê khai thuế và tự nộp thuế vào Kho bạc Nhà nước.
Thứ hai, việc nộp thuế phải được xác nhận của Kho bạc Nhà nước. Đồng thời hệ thống Kho bạc phải có sự thông tin liên tục và cập nhật hàng ngày với Cơ quan Thuế để xác định số thuế phải nộp, số thuế đã nộp của các đối tượng nộp thuế.
Thứ ba, bộ phận xử lý tờ khai, chứng từ thanh toán thuế của cơ quan Thuế, nhập tờ khai thuế và chứng từ thanh toán thuế để phát hiện các trường hợp không nộp tờ khai thuế hoặc không nộp đủ thuế, phát hành thông báo nhắc nhở và cung cấp thông tin cho bộ phận thanh tra thuế, cưỡng chế thuế.
Thứ tư là xử lý các vi phạm về thuế. Bộ phận Thanh tra thuế lựa chọn các đối tượng có hiện tượng nghi vấn để thực hiện thanh tra, kiểm tra và tiến hành xử lý các hành vi vi phạm về thuế. Bộ phận cưỡng chế thuế sẽ thực hiện các biện pháp xử lý thu thuế đối với những doanh nghiệp cố tình không nộp thuế, trốn thuế.
Mô hình này đòi hỏi phải có sự phối, kết hợp giữa 3 bộ phận cấu thành là Cơ quan Thuế, Kho bạc và Đối tượng nộp thuế. Trong đó, Cơ quan Thuế là người chịu trách nhiệm trực tiếp với Nhà nước và do vậy phải được nâng cao quyền tự chủ, tự quyết theo quy định của pháp luật. Cơ quan Thuế và Kho bạc Nhà nước qua quy trình quản lý thu thuế sẽ phát hiện những vi phạm pháp luật thuế của đối tượng nộp thuế. Bên cạnh đó, công tác thanh tra, kiểm tra phải được tăng cường. những vi phạm của đối tượng nộp thuế sẽ được xử lý nghiêm minh bằng một hệ thống Luật và văn bản dưới Luật đầy đủ và chặt chẽ.