Để đưa Thuế GTGT trở thành một công cụ có tính khoa học, chuyên môn hoá của quản lý Nhà nước, Quốc hội nước ta đã thông qua Luật Thuế GTGT. Luật Thuế GTGT từ khi mới được thực hiện đã thể hiện rõ tính ưu việt so với Luật Thuế doanh thu trước đây, tạo điều kiện thuận lợi để Thuế GTGT đi vào cuộc sống. Đây là thành công cơ bản của
Luật Thuế GTGT. Mặc dù vậy, trong quá trình thực hiện có nhiều vướng mắc từ phía các doanh nghiệp, do vậy UBTVQH, Chính phủ và Bộ Tài chính đã phải ban hành nhiều văn bản dưới Luật để chỉnh sửa, bổ sung. Việc chỉnh sửa, bổ sung này ít nhiều đã làm xói mòn tính trung lập của Thuế GTGT và làm cho kiểm soát nguồn thu thuế GTGT gặp nhiều trở ngại.
Trở ngại lớn nhất phải nói đến ở đây là việc ban hành quá nhiều văn bản pháp quy. Tính đến nay, UBTVQH đã thông qua 2 Nghị quyết, Chính phủ đã ban hành 3 Nghị định, Bộ Tài chính ban hành 27 Thông tư khác nhau hướng dẫn trong 2 năm triển khai thực hiện Luật Thuế GTGT. Việc ban hành chỉnh sửa, bổ sung quá nhiều nội dung thực hiện Luật Thuế GTGT có thể tháo gỡ cho một bộ phận doanh nghiệp này nhưng lại gây khó khăn cho các doanh nghiệp khác. Làm cho các doanh nghiệp khác không nắm bắt kịp thời để thực hiện tốt. Bên cạnh đó, các nội dung được chỉnh sửa, thay đổi lại tập trung chủ yếu vào các vấn đề là thuế suất và diện được hưởng thuế suất ưu đãi. Do vậy, ít nhiều việc ban hành các văn bản pháp quy đã làm mất tính trung lập, mất tính công bằng của Luật thuế đối với các thành phần kinh tế khác nhau, các lĩnh vực, ngành nghề khác nhau.
Đối với kiểm soát nguồn thu thuế GTGT, việc quy định quá nhiều mức thuế suất, nhiều tỉ lệ khấu trừ khác nhau đã làm cho việc thực hiện trở nên khó khăn hơn. Cán bộ thuế phải đối chiếu trên nhiều loại hàng hoá khác nhau để xác định đúng mức thuế suất, đúng tỉ lệ khấu trừ. Bên cạnh đó, hàng hoá với công dụng khác nhau khiến cán bộ thuế lúng túng khi tính thuế.
Trên khía cạnh pháp luật, một trở ngại nữa là cho đến nay, cơ quan Thuế vẫn chưa được giao quyền điều tra, khởi tố các đối tượng nộp thuế vi phạm nghiêm trọng Luật thuế. Điều này làm giảm quyền lực của cơ quan Thuế trong việc thực thi Pháp luật thuế, làm giảm hiệu quả của kiểm soát nguồn thu thuế GTGT. Mặt khác, cũng làm cho người dân và giới doanh nghiệp có cảm giác bị áp đặt khi chịu sự kiểm soát của cơ quan Thuế.
Ngoài ra, như đã trình bày ở những phần trước, ở tất cả các khâu của quy trình quản lý thu thuế, từ xác định đối tượng chịu thuế, thuế suất để tính thuế đến khấu trừ thuế, hoàn thuế và cuối cùng là thanh tra, kiểm tra thuế, các quy định của Nhà nước vừa thiếu lại vừa thừa, làm cho kiểm soát thu thuế GTGT gặp nhiều trở ngại. Tất cả những điều đó
đã làm giảm hiệu quả của kiểm soát nguồn thu thuế GTGT và việc thực hiện động viên nguồn thu thuế GTGT vào NSNN không đạt được mục tiêu ban đầu đã đề ra là động viên 19-20% GDP vào NSNN.