Chủ quyền quốc gia là thuộc tính chính trị - pháp lý không thể tách rời của quốc gia, bao gồm hai nội dung chủ yếu là quyền tối cao của quốc gia trong phạm vi lãnh thổ của mình và quyền độc lập của quốc gia trong quan hệ quốc tế [29, 107]. Chủ quyền quốc gia là thiêng liêng, bất khả xâm phạm được pháp luật quốc tế ghi nhận và bảo vệ, chính vì thế pháp luật chống khủng bố và các biện pháp chống khủng bố xâm phạm chủ quyền của quốc gia khác. Nguyên tắc này thực chất là nguyên tắc phái sinh từ nguyên tắc bình đẳng chủ quyền giữa các quốc gia – nguyên tắc cơ bản làm nền tảng cho quan hệ quốc tế hiện đại. Nguyên tắc này được ghi nhận cụ thể tại Công ước quốc tế về chống tài trợ khủng bố như sau: “Các quốc gia thành viên sẽ thực hiện các nghĩa vụ của mình theo quy định của Công ước này theo phương thức phù hợp với nguyên tắc bình đẳng chủ quyền và toàn vẹn lãnh thổ quốc gia, không can thiệp vào công việc nội bộ của quốc gia khác”(4) và “không một quy định nào trong Công ước này cho phép quốc gia thành viên thực hiện trên lãnh thổ quốc gia thành viên khác quyền tài phán hoặc các chức năng dành riêng cho các cơ quan có thẩm quyền của quốc gia thành viên khác đó theo pháp luật của quốc gia thành viên khác đó”(5). Công ước quốc tế về chống bắt cóc con tin, tại Điều 14 cũng ghi nhận: “Không có quy định nào trong Công ước này được giải thích để biện minh cho việc xâm phạm sự toàn vẹn lãnh thổ hoặc độc lập chính trị của một quốc gia trái với Hiến chương Liên hợp quốc”.
Pháp luật chống khủng bố được cộng đồng quốc tế chung tay thống nhất xây dựng là nhằm đảm bảo hoà bình và an ninh quốc tế, thế nhưng nếu để một số quốc gia tuỳ tiện lợi dụng việc chống khủng bố để can thiệp trái phép, xâm phạm chủ quyền quốc gia khác thì mục đích này không đạt được.
4() Điều 20 Công ước quốc tế về chống tài trợ khủng bố
Chính vì vậy, nguyên tắc “Pháp luật chống khủng bố và các biện pháp chống khủng bố không được xâm phạm chủ quyền quốc gia khác” là nguyên tắc quan trọng nhằm tránh cách hành xử tuỳ tiện của các quốc gia, đảm bảo hoà bình và an ninh quốc tế. Tuy nhiên, nguyên tắc này không loại trừ việc các quốc gia và Hội đồng bảo an sử dụng vũ lực hợp pháp theo quy định tại các điều từ 42 đến 47 và Điều 51 Hiến chương Liên hợp quốc.