Doanh thu từ hoạt động Trung tâm kho vận gồm nhiều khoản mục như doanh thu từ thực hiện dịch vụ cho thuê bãi lưu container, nâng hạ container, sữa chữa- vệ sinh container, cho thuê mặt bằng kho và giúp Công
ty giám sát việc Công ty Maersk Việt Nam thuê kho CFS1, CFS2. Trong năm 2010, doanh thu các nghiệp vụ này đạt 15.596 tỷ đồng đạt 127.81% kế hoạch tăng 4.38% so với năm 2009, trong đó khai thác bãi , dịch vụ container, giao nhận chiếm 58% tỉ trọng với doanh thu là 9.056 tỷ đồng đạt 132% kế hoạch. Nguồn thu này xuất phát từ các dịch vụ thực hiện ở Trung tâm kho vận ở Linh Xuân, Thủ Đức. Khu Trung tâm này nằm trên mặt tiền Quốc lộ 1A ở trung tâm của 2 cụm cảng chính của khu vực phía Nam là cụm Cảng TP.HCM và cụm cảng Bà Rịa- Vũng Tàu, rất thuận lợi với các tuyến đường bộ như Quốc lộ 15, 51 và hệ thống đường sắt Quốc gia tại Ga Sóng Thần. Đây là vị trí rất tiềm năng để thu hút hàng hóa xuất nhập khẩu thuộc khu vực Nam Tây Nguyên, Tây Ninh, Đồng Nai, Bình Phước, Bình Dương là những địa phương có quy mô công nghiệp lớn nên đã được các khách hàng lớn như China Shipping, APL, Evergreen…chọn làm đối tác thuê bãi lưu container, các dịch vụ sữa chữa vệ sinh container theo yêu cầu của khách hàng, thực hiện thu phí nảo trì đường ra vào bãi từ các khách hàng. Phần doanh thu còn lại là nhờ vào việc cho Công ty Maersk Việt Nam thuê 2 kho CFS1 và CFS2 với nguồn thu là 6.54 tỷ đồng. Với diện tích rộng lớn với quy mô đạt tiêu chuẩn CFS Châu Á cùng với vị thế thuận lợi của 2 kho này thì doanh thu từ việc cho thuê có thể cao hơn con số trên nhưng Công ty đã cho Maersk thuê với thời gian định hạn nên giá không thể thay đổi. Vì do lúc mới xây dựng Công ty chỉ đủ khả năng để đền bù, giải tỏa và san lấp mặt bằng chứ không đủ nguồn vốn đối ứng để thực hiện việc xây dựng kho với trang thiết bị hiện đại. Do đó, Công ty đã kêu gọi các đối tác, khách hàng tiềm năng cùng đầu tư và đã được đáp ứng bởi một khách hàng lớn có mối quan hệ kinh doanh lâu bền với SaigonShip là Công ty Maersk Sealand Singapore thuộc tập đoàn A.P.Moller Maersk Đan Mạch. Thời điểm đó
Công ty chỉ có nền đất, nên Maersk đã ứng tiền trước để xây dựng kho với tổng kinh phí xây dựng và mua sắm trang thiết bị hiện đại cho 2 kho lên đến 27 tỷ đồng. Bù lại, Maersk sẽ được phép sử dụng hai kho trong một thời gian dài, cụ thể là thuê kho CFS1 là 7 năm (từ tháng 8/2003 đến tháng 8/2010) và kho CFS2 là 8 năm ( từ tháng 11/2004 đến tháng 11/2010) với diện tích khuôn viên mỗi kho là 14,000 m2, diện tích sử dụng là 6,00 m2 và doanh thu cho thuê 2 kho sẽ tương đương với chi phí khấu hao của Công ty cho công trình này trong thời gian thuê. Từ tháng 8/2010 thời gian thuê kho CFS1 của Maersk Việt Nam đẽ hết nhưng vì vị trí thuận lợi cộng với sự tín nhiệm đối với SaigonShip nên Maersk đã quyết định tiếp tục ký hợp đồng mới với giá trị 20,000 USD/tháng. Điều này chứng tỏ vị thế tiềm năng của khu Trung tâm kho vận này sẽ mang lại nguồn doanh thu lớn cho Công ty trong thời gian tới.