Việc quy định các loại tội phạm khác nhau, các biện pháp hình phạt khác nhau tạo cơ sở để định ra các mức độ nghiêm khắc khác nhau trong hệ thống chế tài của luật hình sự. Các mức độ đó là tiền đề quan trọng để Toà án áp dụng trách nhiệm hình sự đối với bị cáo. Và do đó, chế tài là yếu tố cụ thể, trực tiếp tác động đến quyền con người của bị cáo. Vì lẽ đó, việc xây dựng hệ thống chế tài đòi hỏi phải đảm bảo nguyên tắc tương xứng giữa mức độ nghiệm trọng của tội phạm và mức độ nghiêm khắc của chế tài, đồng thời phải bảo đảm tương xứng và hợp lý giữa các tội trong phần các tội phạm của Bộ luật hình sự. Bởi vì, như Mác viết "Nếu như khái niệm phạm tội giả định phải có sự trừng phạt, thì tội phạm thực tế lại giả định phải có một mức độ trừng phạt nhất định. Tội phạm thực tế là có giới hạn. Vì vậy, cả sự trừng phạt cũng phải có giới hạn, dẫu chỉ là để cho nó có tính chất thực tế - nó phải được hạn chế bởi nguyên tắc của pháp luật để trở thành hợp pháp. Vấn đề là ở chỗ làm cho sự trừng phạt trở thành hậu quả thực tế của việc phạm tội. Dưới con mắt của kẻ phạm tội, sự trừng phạt phải là kết quả tất yếu của hành vi của người đó, do đó phải là hành vi của chính người đó. Giới hạn của hành vi của y phải là giới hạn của sự trừng phạt" [42, 181].
Để mức độ nghiêm khắc của hình phạt được biểu hiện bằng các chế tài cụ thể tương xứng với mức độ nghiêm trọng của tội phạm, không thể không tính đến năng lực trách nhiệm hình sự, lứa tuổi, các hình thức lỗi, động cơ, mục đích... của người phạm tội. Vì không như vậy thì quyền con người của họ sẽ không được bảo đảm. Điều này được thể hiện rõ nét trong luật hình sự Việt Nam; chẳng hạn đối với người chưa thành niên trong các độ tuổi khác nhau có các mức hình phạt khác nhau, tội giết người với tội vô ý làm chết người có mức hình phạt khác nhau...
Việc quy định chế tài còn căn cứ vào tính chất, giá trị, ý nghĩa, vai trò, tầm quan trọng của các quan hệ xã hội bị xâm hại, tính chất của hành vi và hậu quả do tội phạm gây ra. Chẳng hạn hình phạt đối với tội cố ý gây thương tích hoặc gây tổn hại sức khoẻ của người khác (Điều 104 BLHS) nghiêm khắc hơn so với hình phạt đối với tội gây rối trật tự công cộng (Điều 245 BLHS); hoặc giết người không vì các động cơ, mục đích.... được quy định tại khoản 1 Điều 93 BLHS thì thuộc khoản 2 có mức hình phạt ít nghiêm khắc hơn,
hoặc người phạm tội gây hậu quả nghiêm trọng bao giờ cũng chịu mức hình phạt nghiêm khắc hơn trường hợp tương tự nhưng không có tình tiết đó.
Đối với các tội phạm về sở hữu, về kinh tế, luật hình sự quy định việc định lượng giá trị để làm cơ sở phân biệt tội phạm với vi phạm hành chính, đồng thời cũng là cơ sở để quy định các chế tài cho tương xứng với các mức độ nghiêm khắc khác nhau của tội phạm, tránh tình trạng xử lý tuỳ tiện. Chẳng hạn thông thường người nào có hành vi chiếm đoạt tài sản có giá trị từ 500.000 đồng trở lên mới cấu thành tội phạm. Tuy nhiên trường hợp chiếm đoạt dưới 500.000 đồng cũng cấu thành tội phạm trong trường hợp gây hậu quả nghiêm trọng hoặc đã bị xử phạt hành chính hoặc chưa được xóa án tích về hành vi chiếm đoạt (Điều 137, 138, 139 BLHS) và chẳng hạn, Điều 154 Bộ luật hình sự quy định các mức hình phạt khác nhau tương ứng với số lượng hàng hoá, tiền tệ do người phạm tội vận chuyển qua biên giới nhiều hay ít. Bộ luật hình sự hiện nay quy định hình phạt tiền vừa là hình phạt chính, vừa là hình phạt bổ sung nhưng phần lớn là hình phạt bổ sung. Do đó, Bộ luật chưa thể hiện đúng vai trò của hình phạt tiền. Bên cạnh đó, khoảng cách tối thiểu và tối đa của hình phạt này còn quá rộng (từ 10 đến 100 triệu đồng: khoản 4 Điều 153, khoản 1 Điều 158...; từ 5 đến 50 triệu đồng: khoản 1 Điều 155, khoản 1, Điều 159); dẫn đến việc dễ tuỳ tiện khi áp dụng.
Để tránh được việc xâm hại quyền con người của người phạm tội - bị cáo thì việc xây dựng và áp dụng chế tài đối với họ đòi hỏi phải đảm bảo nguyên tắc công bằng, có nghĩa là chế tài "không chỉ phù hợp nghiêm khắc với mức độ nghiêm trọng của hành vi phạm tội được mô tả trong luật, có phân hoá cao mà còn phải cân xứng với các chế tài quy định đối với việc thực hiện các tội phạm khác" [38;9,10].
Một mặt, vì tính không đồng loại của các hành vi phạm tội, mặt khác để tạo cho việc phân hoá trách nhiệm hình sự nên trong luật hình sự nước ta tất cả chế tài được quy định trong phần các tội phạm được xây dựng theo kiểu tuỳ nghi lựa chọn đối với chế tài quy định hình phạt chính. Ví dụ, lựa chọn giữa hình phạt tù có thời hạn với tù chung thân hoặc tử hình (khoản 1 Điều 84 BLHS); cảnh cáo hoặc phạt tiền với cải tạo không giam giữ hoặc tù có thời hạn (khoản 1 Điều 161 BLHS).
Về hình phạt tù, chế tài quy định mức tối thiểu và mức tối đa, tạo cho Toà án khả năng lựa chọn một hình phạt tương xứng áp dụng đối với người phạm tội. Nhưng mặt khác, khoảng cách quá xa giữa mức tối thiểu và mức tối đa trong từng khung hình phạt (từ 5 năm đến 15 năm: khoản 2 Điều 80, khoản 2 Điều 81...; từ 12 đến 20 năm , chung thân hoặc tử hình....) cũng tạo ra cơ sở cho sự tuỳ tiện, hay "chạy chọt", không thống nhất trong áp dụng hình phạt. Trong khi đó, hình phạt hiện nay cần có những căn cứ pháp luật đảm bảo phân hoá trách nhiệm hình sự và cá thể hoá hình phạt nhằm góp phần thiết lập, xây dựng Nhà nước pháp quyền của dân, do dân, vì dân.
Như vậy, để đảm bảo quyền con người, quyền công dân của người phạm tội, đòi hỏi phải xây dựng được hệ thống chế tài công bằng, tạo cho Toà án khả năng cá thể hoá hình phạt. Từ đó đặt ra vấn đề quan trọng là "cần tìm ra một sự tương quan tối ưu giữa các giới hạn có tính nguyên tắc của hoạt động của các cơ quan áp dụng pháp luật hình sự với giới hạn ở đó luật giao cho các cơ quan đó thẩm quyền độc lập ra quyết định. Vấn đề về sự kết hợp giới hạn của luật và giới hạn của sự phán xét độc lập tương đối của Toà án có ý nghĩa rất lớn trong việc giải quyết những vấn đề trách nhiệm và hình phạt đối với người có lỗi" [22,93].
Có thể khẳng định rằng, sự thể hiện tập trung của công bằng là ở luật. Cho nên, nếu luật quy định trách nhiệm hình sự, tội phạm, hệ thống hình phạt, hệ thống chế tài càng rõ ràng, cụ thể, thì công bằng, dân chủ, nhân đạo, pháp chế càng được bảo đảm. Nhưng trong thực tiễn thì những quy phạm có đầy đủ đến bao nhiêu đi chăng nữa cũng không bao hàm hết được những tình tiết của tội phạm, cũng như không thể tạo dựng hết được những "khuôn mẫu" cho việc áp dụng các biện pháp trách nhiệm được tương xứng với tội phạm. Do đó, phải có sự phán xét của Toà án và như vậy, sự phán xét (xét xử) với quyết định của Toà án có quan hệ trực tiếp đến quyền con người, quyền công dân của bị cáo. Cho nên, những hành vi phạm tội trong lĩnh vực này cần phải có hình phạt thích hợp. Vì vậy, Bộ luật hình sự hiện nay quy định chế tài đối với các tội xâm phạm hoạt động tư pháp mà đặc biệt là do cán bộ tư pháp thực hiện nghiêm khắc hơn nhiều so với quy định trước đây. Chẳng hạn, tội ra bản án trái pháp luật quy định mức hình phạt cao nhất là 15 năm (thay vì 7 năm theo luật trước đây) và không áp dụng hình phạt cải tạo không giam giữ đối với tội này. Đồng thời, tội bức cung trước đây chỉ quy định đối với người (nào) tiến hành điều tra, hiện nay mở rộng cả
đối tượng là người (nào) tiến hành truy tố, xét xử nữa và mức hình phạt cao nhất đối với tội này là 15 năm (trước đây 5 năm).