Doanh nghiệp BOT, doanh nghiệp BTO thực hiện việc quản lý hoặc thuê tổ chức quản lý và kinh doanh tất cả công trình theo điều kiện thỏa thuận trong hợp đồng dự án. Đây là điểm khác biệt với hợp đồng BT, khi xây dựng xong công trình, Doanh nghiệp này không được quyền thực hiện các công việc quản lý và kinh doanh công trình, do đặc thù của dự án đầu tư theo phương thức nói trên là xây dựng công trình xong sẽ chuyển giao luôn cho Nhà nước và được Nhà nước tạo điều kiện cho kinh doanh công trình khác để thu hồi vốn và có lợi
nhuận hợp lý. Còn theo hợp đồng BOT, BTO thì đây là giai đoạn nhà đầu tư thực hiện kinh doanh thu hồi vốn đầu tư và thực hiện mục tiêu lợi nhuận trong thời gian đã cam kết tại hợp đòng dự án. Doanh nghiệp dự án thực hiện việc kinh doanh công trình thông qua cung cấp dịch vụ có thu tiền, Nhà nước có nghĩa vụ tạo mọi điều kiện thuận lợi để Doanh ngiệp thu đúng, thu đủ giá và phí dịch vụ cũng như các khoản thu hợp pháp khác từ khai thác cồng trình. Nhìn chung các giai đoạn này, về cơ bản không có gì khác so với hai Quy chế cũ. Tuy vậy, việc thi hành nó thời gian quan còn nhiều vướng mắc mà pháp luật hiện hành chưa khắc phục được. Đó là việc Doanh ngiệp khi tổ chức thu phí, nhất là các dự án thu phí giao thông, phải báo cáo Hội đồng nhân tỉnh (HĐND) mỗi quý 1 lần gồm nhiều nội dung, chủ yếu nằm trong chương trình toàn khóa cho nên hiếm khi được đưa vào nội dung chương trình. Thực tế là một số dự án đã kết thúc quá trình thực hiện đầu tư, công trình đã đi vào vận hành, nhưng Doanh nghiệp BOT chưa được HĐND tỉnh đồng ý cho thu phí. Các ngân hàng thường hợp vốn sau nhiều lần gia hạn hợp đồng vay vốn đối với dự án BOT đã chuyển tất cả vốn vay sang nợ quá hạn và tính lãi suất 150% so với lãi suất thông thường.Trong khi đó, hàng tháng doanh nghiệp BOT còn phải thanh toán cho những chi phí như: điện chiếu sáng, trông coi bảo vệ, duy trì, bảo dưỡng công trình…với giá trị không nhỏ. Điều này đã tạo nên áp lực áp tài chính rất lớn cho Doanh nghiệp BOT trong đó một vài Doanh nghiệp đang sản xuất, kinh doanh có hiệu quả vì có dự án BOT mà dẫn đến tình trạng nợ nần chồng chất và đang đứng bờ vực phá sản 1. Điều này đi ngược lại hoàn toàn mục đích kêu gọi đầu tư theo hình thức BOT,BTO,BT từ cả Nhà nước và Doanh nghiệp khi tiến hành đầu tư. Thực trạng này sẽ ảnh hưởng đáng kể tới hiệu quả đầu tư xây dựng công trình cơ bản hiện nay ở nước ta, nếu như không kịp thời được cải thiện.Theo chúng tôi, khi đàm phán điều kiện này trong hợp đồng dự án ngoài việc đưa ra những nguyên tấc phải xác định giá, phí và điều kiện điều chỉnh mức giá, phí, các khoản thu thì các bên còn phải thỏa thuận rõ về nghiã vụ, trách nhiệm của
cơ quan nhà nước có thẩm quyền trong trường hợp gặp phải khó khăn, vướng mắc sau khi thi công xong công trình mà nguyên nhân do chính sánh từ phía cơ quan có thẩm quyền địa phương nên chưa tổ chức thu phí được để bảo vệ quyền lợi cho Doanh nghiệp BOT.
Khi thực hiện kinh doanh công trình, Doanh nghiệp dự án phải có nghĩa vụ cung ứng dịnh vụ và vận hành công trình theo quy định của pháp luật.Về nội dung này, Doanh nghiệp dự án có quyền lựa chọn khách hàng cho mình, tuy nhiên pháp luật nhiều nước trên thế giới đều dự liệu việc Doanh nghiệp dự án sử dụng quyền kinh doanh công trình như một thứ " đặc quyền" cung cấp dịch vụ để phân biệt đối xử với khách hàng. Ngăn ngừa hiện tượng tiêu cực này, pháp luật và hợp đồng thường quy định Doanh nghiệp dự án có nghĩa vụ đối xử bình đẳng với tất cả các đối tượng sử dụng hợp pháp các sản phẩm, dịch vụ do Doanh nghiệp dự án cung cấp và nghiêm cấm việc sử dụng quyền kinh doanh công trình để đối xử phân biệt và khước từ phục vụ đối với các đối tượng sử dụng. Ngoài ra, Doanh nghiệp dựa án còn phải thực hiện các nghĩa vụ khác như: thực hiện bảo dưỡng định kỳ, sửa chữa công trình theo hợp đồng dự án, bảo đảm công trình vận hành đúng thời kỳ, cung cấp sản phẩm, dịch vụ với số lượng và chất lượng như thỏa thuận.