Công việc đầu tiên mà nhà đầu tư phải thực hiện trong giai đoạn này là đăng ký kinh doanh, thành lập và tổ chức quản lý Doanh nghiệp dự án với quy định: đối với dự án sử dụng nguồn vốn đầu tư trong nước, sau khi thực hiện các thủ tục thẩm tra và cấp giấy chứng nhận đầu tư, nhà đầu tư đăng ký kinh doanh để thành lập Doanh nghiệp dự án hoặc bổ sung chứng nhận đăng ký kinh doanh (với nhà đầu tư đã thành lập tổ chức kinh tế). Khi đó, nhà đầu tư phải tuân thủ các quy định của Luật Doanh nghiệp 2005 về hồ sơ, trình tự, thủ tục đăng ký kinh doanh … với nhà đầu tư nước ngoài thì cấp giấy chứng nhận đầu tư đồng thời là chứng nhận đăng ký kinh doanh của Doanh nghiệp dự án. Có ý kiến cho rằng, quy định này tạo ra sự khác biệt giữa các nhà đầu tư bởi đối với dự án sử dụng vốn đầu tư trong nước, nhà đầu tư phải trải qua hai thủ tục : vừa phải cấp giấy chứng nhận đầu tư vừa phải đăng ký kinh doanh hoặc bổ sung đăng ký kinh doanh phức tạp hơn Doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài khi nhà đầu tư chỉ phải làm một thủ tục cấp giấy chứng nhận đầu tư. Theo chúng tôi ý kiến trên là chưa thỏa đáng và không phù hợp với tinh thần Luật Đầu tư 2005 và các quy định của Luật Doanh nghiệp đã được Nhà nước ban hành. Quy chế mới đã thể hiện tính nhất quán, đồng bộ với những quy định tại các văn bản này, đảm bảo
duy trì sự ổn định với quy định tại Quy chế đầu tư BOT trong nước thời gian qua. Đồng thời phù hợp với chủ trương cải cách mạnh mẽ thủ tục hành chính, tạo điều kiện cho nhà đầu tư nhanh chóng triển khai dự án, mà không gây ra sự phân biệt đối xử giữa các nhà đầu tư bởi pháp luật đầu tư cũng đã quy định: nhà đầu tư nước ngoài lần đầu đầu tư vào Việt nam phải có dự án đầu tư hay phải gắn với việc thành lập tổ chức kinh tế mới tại Việt Nam. Quy định này không đặt ra bắt buộc với nhà đầu tư trong nước cũng như các tổ chức kinh tế có vốn đầu tư nước ngoài đã thành lập tại Việt Nam. Vì các dự án đầu tư theo các hợp đồng BOT, BTO, BT là các dự án đầu tư xây dựng công trình nên quá trình triển khai các dự án này, ngoài việc phải tuân thủ thỏa thuận trong hợp đồng dự án nhà đầu tư còn phải chấp hành các quy định của pháp luật xây dựng về: thiết kế dự toán xây dựng công trình, xin giấy phép xây dựng , lựa chọn nhà thầu …
Công tác đền bù, giải tỏa mặt bằng luôn là một trong những khó khăn phổ biến trong việc thực hiện các dự án đầu tư nói chung và dự án xây dựng kết cấu hạ tầng nói riêng. Quy chế đầu tư trong nước quy định nghĩa vụ của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền trong việc tổ chức đền bù, giải tỏa mặt bằng diện tích đất được giao hoặc được thuê để thực hiện dự án. Tuy nhiên việc thực hiện quy định này, đối với các Bộ quản lý ngành là không khả thi vì thực tế công việc này đều do các công ty BOT làm, nên đã gây ra nhiều khó khăn chậm chễ cho các nhà đầu tư khi cần mặt bằng sản xuất. Ví dụ như: dự án BOT- Quốc lộ 2A từ km 7+ 880 đến km 29+ 800 (đoạn đường quan trọng nối giữa thủ đô Hà nội với các tỉnh phía bắc) do công ty Trường An được chọn để thực hiện hợp đồng bị chậm tiến độ thực hiện dự án, mà nguyên nhân chính là vấn đề mặt bằng cho thi công do cơ quan nhà nước giải tỏa còn nhiều chậm chễ. Qua đó, đẩy mức vốn đầu tư của công trình tăng lên khi mà giá trị quyền sử dụng đất lại tăng lên trong bối cảnh hiện nay 1. Những hạn chế, trên đòi hỏi pháp luật hiện hành phải có quy định cụ thể hơn nữa để thúc đẩy nhanh tiến trình thực hiện các công trình này,