a. Sự suy thoái của các hệ sinh thái tự nhiên:
- Hầu hết, các hệ sinh thái tự nhiên nước ta hiện đang phải chịu sức ép nặng nề từ các hoạt động lớn trong hơn nữa thế kỷ qua. Độ che phủ rừng tăng là rừng trồng, nếu tính về giá trị đa dạng sinh học thì không cao. hều hết các vùng trong rừng tự nhiên còn lại đều đang bị xuống cấp nghiêm trọng. Diện tích rừng nguyên sinh chưa bị tác động chỉ còn tồn tại trong các vùng rừng nhở, rời rạc tại các khu vực núi cao. Hầu hết các vùng rừng tự nhiên còn lại đều hết các vùng rừng tự nhiên còn lại đều đang bị xuống cấp nghiêm trọng, Diện tích rừng nguyên sinh chưa bị tác động chỉ còn tồn tại trong các vùng rừng nhỏ, rời rạc tại các khu vực núi cao của miền Bắc và Tây Nguyên. Đây là mối đe dọa lớn đối với các cấu thành đa dạng sinh học của rừng bao gồm các loài thực vật và động vật phụ thuộc vào rừng.
- Đất ngập nước là một trong các hệ sinh thái nhạy cảm và dễ bị đe dọa.
Tổng diện tích rừng ngập mặn của cả nước hiện chỉ còn khoảng 155.290 ha, giảm 100.000 ha so với trước năm 1990 và vẫn đang tiếp tục bị thu hẹp nhanh. Các hệ sinh thái đầm phá các vùng rừng ngập nước và các đồng cỏ cũng đang bị suy thoái nặng nề do bị chuyển thành đất nông nghiệp và nuôi trồng thủy sản.
- Hầu hết, các hệ sinh thái biển đều đang bị suy thoái một cách nghiêm trọng.Nguyên nhân trước hết là do khai thác quá mức các nguồn lợi thủy sản.Đặc biệt, là khai thác bằng các phương pháp hủy diệt. Ngoài ra, các hệ sinh thái biển còn bị đe dọa bởi ô nhiễm chất thải, lắng đọng trầm tích và ô nhiễm tràn dầu.
b. Các loài tự nhiên suy giảm:
- Xu hướng quần thể, của rất nhiều loài động thực vật đang suy giảm. Càng ngày, càng có nhiều loài hơn phải đối mặt với nguy cơ tiệt chủng.
Hoạt động buôn bán động thực vật hoang dã chưa giảm bớt. Cũng là một trong những nguyên nhân tác động xấu tới số lượng các loài trong tự nhiên.
c. Hệ sinh thái nông nghiệp và giống cây trồng vật nuôi bị ảnh hưởng:
- Các giống cây trồng mới, có năng suất cao ngày càng được đưa vào sản xuất. Và chiếm diện tích ngày càng lớn. Do đó, các giống địa phương ngày càng bị thu hẹp diện tích. Và vậy, nhiều nguồn gen quý của đại phương, đặc biệt là các nguồn gen chống chịu sâu bệnh bị mai một.
d. Diện tích rừng tăng nhưng chất lượng rừng suy giảm:
- Từ năm 1990 đến 2004, diện tích rừng liên tục tăng. Trong đó rừng trồng tăng rất nhanh. Chỉ sau chưa đầy 15 năm, rừng trồng đã tăng 4 lần diện tích rừng tự nhiên. Tăng lên trên 1 triệu ha nhưng chủ yếu là rừng phục hồi. Đến năm 2004, tỷ lệ che phủ của rừng đạt 36,7%. Tuy nhiên, chất lượng của rừng vẫn chưa được cải thiện. Phần lớn, rừng tự nhiên hiện nay phụ thuộc nhóm rừng nghèo. Trong khi đó rừng nguyên sinh chỉ còn 0,57 triệu ha. Phân bố rải rác những khu rừng tự nhiên ít bị tác động còn tương đối nguyên sinh và có giá trị cao về đa dạng sinh học. Tập trung chủ yếu ở các khu rừng đặc dụng. riêng rừng trồng, có diện tích trên 2 triệu hecta chiếm tỷ lệ 18% rừng trồng công nghiệp.
Hiện nay, rừng mang tính thuần loại về cây trồng cao do vậy tính đa dạng sinh học thấp.
Năm Diện tích (1000 ha) Độ che phủ (%) Bình quân (ha)/người Rừng tự nhiên Rừng trồng Tổng cộng 1943 14.300 0 14.300 43,0 0.70 1976 11.077 92 11.168 33,8 0.22 1945 8.252 1.050 9.302 28,2 0.12 2000 9.444,2 1.471 10.915 33,2 0.14 2002 9.865,0 1.919,6 11.784,6 35,8 0.14 2004 10.088,3 2.218,6 12.306,9 36,7 0.15
Số liệu trung bình các nước ASEAN năm 2000
2000 211.387 19.937 231.360 48.6 0.42
Bảng 2.3: Tổng diện tích rừng từ năm 1943 đến 2004
e. Diện tích chất lượng các vùng đất ngập nước đang bị suy giảm:
- Trong những năm gần đây, việc khai thác và sử dụng đất ngập nước diễn ra một cách ồ ạt thiếu quy hoạch. Nhiều diện tích rừng ngập mặn và các vùng đất ngập nước khác bị chuyển thành đất canh tác nông nghiệp. Hoặc nuôi trồng thủy sản. Làm cho diện tích đất ngập nước bị thu hẹp. Tài nguyên suy giảm, kéo theo đó là các tai biến, xói lở, bồi tụ. Và môi trường bị ô nhiễm nghiêm trọng. Diện tích đầm nuôi tôm tăng dần theo thời gian, thì diện tích rừng ngập mặn cùng giảm tương ứng. Trước đây, rừng ngập mặn trải dài suốt dọc bờ biển. Nhưng hiện nay, diện tích này đã giảm đi rất nhiều. Gây suy thoái hệ sinh thái rừng ngập mặn. Làm thiệt hại không nhỏ cho vùng đất ngập nước ven biển và cho các nghành kinh tế quan trọng ở đây.
f. Đa dạng sinh học biển bị khai thác quá mức:
- Nguồn lợi thủy sản suy giảm nhanh: Trữ lượng hải sản của việt nam năm 2003 là 3.072.800 tấn giảm 25% so với năm 1990(4.1 triệu tấn). Nhiều loài tôm cá kinh tế đã bị giảm sút cả về số lượng lẫn chất lượng. Thay vào đó, thành phần cá tạp trong sản lượng tăng lên danh sách các loài thủy hải sản bị đe dọa có nguy cơ tuyệt chủng từ 15 loài năm 1989 lên 135 loài năm 1996.
- Các rạng san hô đang suy giảm về độ phủ hầu hết các rạn san hô đang bị đe dọa. Trong đó 50% ở mức bị đe dọa cao. Và 17% ở mức bị đe dọa rất cao. Khai thác quá mức đang bị đánh giá là mối đe dọa lớn cho khoảng một nửa số rạn san hô. Có nhiều nơi độ phủ giảm tới 30%. Điều này cho thấy rằng rạn san hô đang bị phá hủy và có chiều hướng suy thoái.
- Hệ sinh thái cỏ biển tại một số khu vực ven biển đang bị đe dọa nghiêm trọng. Bởi các hoạt động khai thác và phát triển của con người vùng vịnh Hạ Long đã bị suy giảm 60-70% diện tích thảm cỏ vùng phá Tam giang –Cầu Hai ( Thừa Thiên Huế) cũng bị mất khoảng 40-50%.
g. Nguồn gen và tri thức bản địa chưa được tiếp cận và chia sẻ hợp lý:
- Hiện nay, nguồn gen ( cây trông vật nuôi và cây thuốc) đang được các cơ quan tổ chức trong nước, quốc tế nghiên cứu, thu thập, khai thác và phát triển thành thương phẩm có giá trị kinh tế. Tuy nhiên, phần lớn chưa có sự chia sẽ lợi ích giữa người sở hữu và người khai thác, sử dụng nguồn gen, cũng như chia sẻ một phần lợi nhuận thu được để góp phần duy trì và phát triển tài nguyên.
-Tri thức bản địa ở nước ta rất phong phú : Tri thức bản địa đã được thừa nhận như một nguồn tài nguyên quan trọng không kém các nguồn tài nguyên hữu hình khác. Tuy nhiên, tri thức bản địa hiện cũng đang bị mất mát theo thời gian, do chưa có ý thức được tầm quan trọng của nguồn tài nguyên này. Ngoài ra, cũng như nguồn gen việc chia sẻ lợi ích giữa người sở hữu và người khai thác, sử dụng tri thức bản địa không phải lúc nào cũng được thực hiên một cách công bằng để bảo tồn tri thức bản địa càn có sự phối hợp giữa người dân nhà nước và các nhà khoa học. Việc xây dựng các chính sách khai thác, phát triển và chia sẻ lợi ích nguồn gen và tri thức bản địa chưa được quan tâm đúng mức.