a. Chuyển đổi mục đích sử dụng đất thiếu quy hoạch.:
- Việc chuyển đổi đất rừng và các vùng đất ngập nước thành đất canh tác, nông nghiệp, nuôi trồng thủy sản. Sự mở rộng đô thị hóa và phát triển cơ sở hạ tầng, đã dẫn đến mất hay phã vỡ các hệ sinh thái và sinh cảnh.
b. Khai thác và sử dụng không bền vững tài nguyên sinh học.
-Đói nghèo là một trong những nguyên nhân của việc khai thác không bền vững. hiện nay ở nước ta, 70% dân số có sinh kế phụ thuộc vào tài nguyên đa dạng sinh học. Tuy nhiên, tài nguyên đa dạng sinh học hiện vẫn bị khai thác và sứ dụng một cách thiếu bền vững. Tình trạng này được thể hiện ở các hoạt động cụ thể sau đây: Khai thác thủy sản quá mức, sử dụng các phương tiện đánh bắt hủy diệt
Khai thác gỗ và các sản phẩm phi gỗ thiếu kế hoạch, thiếu kiểm soát Khai thác và buôn bán các loài động vật hoang dã không kiểm soát được
c. Các loài sinh vật ngoại lai xâm hại:
- Khoảng 20 năm gần đây, nhiều loài sinh vật ngoại lai nguy hiểm đã xâm nhập vào nước ta. Điển hình là các loài ốc Bươu vàng (Pomacea caniculata), Mai dương (Mimosa pigra), Bèo Nhật Bản (Eichhornia crassipes). Sự xâm nhập của các loài sinh vật ngoại lai cũng là mối đe dọa tiềm ẩn đối với đa dạng sinh học. Sự phát tiển quá mức và khó kiểm soát của các loài này đã gây những hậu quả xấu đối với môi trường và đa dạng sinh học như lấn át, loại trừ và làm suy giảm các loài sinh vật và nguồn gen. Phá hại mùa màng, làm giảm năng xuất cây trồng và vật nuôi, thậm chí ảnh hưởng đến sức khỏe con người.
d.Ô nhiễm môi trường:
- Tình trạng ô nhiễm môi trường do các nguồn thải khác nhau là nguyên nhân quan trọng đang đe dọa đa dạng sinh học: Gây chết, làm giảm số lượng cá thể, phá vỡ cấu trúc quần thể, hủy hoại nơi cư trú và môi trường sống của các loài sinh vật. - Nước thải với hàm lượng các chất dinh dưỡng cao, đã gây hiện tượng “nở hoa nước” ở các hồ, gây nguy hại cho môi trường sống của nhiều loài sinh vật thúy sinh. Hiện tượng thủy triều xanh thường xảy ra ở các vùng nước ven biển là kết quả của sự gia tăng các nguồn thải giàu dinh dưỡng. Sự cố tràn dầu gây ô nhiễm nghiêm
trọng các vùng nước ven biển và có những tác động sâu sắc lên các hệ sinh thái rất nhạy cảm như: Rừng ngập mặn, các hệ sinh thái bãi triều, cứ sông, rạn san hô, cỏ biển, quần xã thủy sinh vật phong phú ven biển.
e. Cháy rừng:
- Cháy rừng gây thiệt hại ước tính hàng trăm tỷ đồng mỗi năm, đó là chẳng kể đến những ảnh hưởng xấu về môi trường sống. Làm giảm tính đa dạng sinh học, phá vỡ cảnh quan… Điển hình là cụ cháy rừng tràm U Minh năm 2002 đã gây mất mát nghiêm trọng đối với đa dạng sinh học tại đây.
f. Thiên tai:
- Thiên tai gây ra những tác động sâu sắc trên nhiều mặt đối với đa dạng sinh học. Có thể nêu những tác động chủ yếu sau đây: Làm hủy hoại môi trường sống, thu hẹp nơi cư trú, làm giảm số lượng sinh vật; hủy hoại nguồn dinh dưỡng, nguồn nước; làm thay đổi đặc điểm, tính chất, tập quán của một số loài sinh vật; gây ra những biến dị, những đột biến ở một số loài sinh vật.
g. Quản lý còn nhiều bất cập:
- Hệ thống quản lý đa dạng sinh học ở Việt Nam còn chưa hoàn thiện, chức năng nhiệm vụ còn chồng chéo, chưa rõ ràng, thiếu sự phối hợp. Quy hoạch đối với công tác bảo tồn đa dạng sinh học nói chung và các vấn đề của đa dạng sinh học nói riêng còn chưa hoang thiện, đồng bộ, dẫn đến sự chồng chéo, sự phát triển tài nguyên thiên nhiên không hợp lý và bền vững trong toàn quốc và ở từng địa phương. Hệ thống văn bản quy phạm pháp luật còn nhiều khiếm quyết bà bất cập, các văn bản còn rời rạc, tản mạn. Công tác quản lý, năng lực cán bộ chưa đủ mạnh. Việc đầu tư còn dàn trải, thiếu trọng điểm. nghiên cứu khoa học chưa có chiến lượt và chương trình dài hạn.