Kết thúc xây dựng và đ−a vào vận hành, sử dụng là khâu cuối cùng. Vì vậy, tất cả các khoản gửi giá, ăn chia, khai khống.... đều đ−ợc hợp thức hoá ở khâu này. Thủ đoạn phổ biến là: khai tăng giá trị vật liệu, giá trị san lấp, thi công; mua hoá đơn chứng từ để điền giá, hợp thức hoá; sửa chữa các chứng từ đã có; đ−a công ty t− nhân vào giữa các DNNN để xử lý lợi nhuận, ăn chia. Dự án cầu Chui Văn Thánh 2 "Bùi Tấn Ân là đối t−ợng tìm mua, cung cấp hoá đơn thuế GTGT để một số đối t−ợng hợp thức hoá các nguyên vật liệu đầu vào nhằm thực hiện hành vi tham ô (báo đầu t− số 112 ngày 16/5/2003).
Việc "lại quả" đôi khi đ−ợc gửi vào phần bảo hành (thông th−ờng là 5- 10% giá trị công trình) sau đó hợp thức hoá bằng cách thực tế không sửa chữa, bảo hành hoặc bảo hành ít khai nhiều để rút ra chia nhau. Vì vậy, trong công tác kiểm toán cũng phải đặc biệt chú ý đến khoản tiền gọi là "sửa chữa bảo hành".
Việc nghiệm thu bàn giao công trình của các dự án hầu hết chậm so với thời gian ghi trong quyết định đầu t−, có những công trình chậm gấp 2 lần (dự án quốc lộ 51) đã ảnh h−ởng tới việc khai thác hiệu quả vốn đầu t−. Công tác lập hồ sơ quyết toán vốn đầu t− và phê duyệt quyết toán các dự án đ−ợc kiểm toán đều chậm so với thời gian quy định, dẫn đến việc thanh quyết toán với các đơn vị thi công không dứt điểm do chờ thủ tục xử lý của vấn đề còn tồn tại hoặc dây d−a để nhằm hợp thức hoá. Điều đó cũng tạo cho tham nhũng, lãng phí đ−ợc hợp thức hoá khi quyết toán dự án đầu t− XDCB.
Qua việc nghiên cứu các sai phạm đã phát hiện qua việc thanh tra, kiểm tra, kiểm toán cho thấy tham nhũng, lãng phí diễn ra ở tất cả các b−ớc, các khâu, các nội dung công việc trong quá trình đầu t− XDCB với nhiều thủ đoạn và d−ới nhiều dạng khác nhau. Đồng thời cũng chỉ ra các nguyên nhân cơ bản trong đó nguyên nhân do quản lý của Nhà n−ớc là chủ yếu.