Ngân Hàng Công Thương Chi nhánh Cần Thơ có tiền thân là ngân hàng khu vực tỉnh Cần Thơ, trụ sở ban đầu tại số 39-41 Ngô Quyền Tỉnh Cần thơ. Đến 01/07/1988, Ngân Hàng Công Thương Tỉnh Cần Thơ chính thức được thành lập theo Nghị Định 53 của Chính phủ và có trụ sở chính tại số 09 Phan Đình Phùng Tỉnh Cần Thơ thuộc Thành phố Cần Thơ hiện nay. Ngân hàng được giao nhiệm vụ huy động nguồn vốn đặc biệt là nguồn vốn tại chỗ để đầu tư cho nền kinh tế địa phương, góp phần xây dựng và phát triển kinh tế xã hội của thành phố Cần Thơ.
Đến nay Ngân Hàng Công Thương Chi nhánh Cần Thơ đã đi qua hơn 16 năm hoạt động. Chặng đường đi qua tuy gặp không ít khó khăn nhưng Ngân Hàng Công Thương Chi nhánh Cần Thơ đã cố gắng vượt qua thử thách và tìm mọi cách để phát triển mở rộng kinh doanh, đáp ứng nhu cầu vốn sản xuất kinh doanh của các thành phần kinh tế. Để tạo điều kiện thuận lợi và đưa vốn đến tận người có nhu cầu vốn Ngân Hàng Công Thương Chi nhánh Cần Thơ có hệ thống chi nhánh và các phòng giao dịch như: phòng giao dịch Ninh Kiều, phòng giao dịch Cái Tắc, phòng giao dịch Phong Điền, điểm giao dịch Xuân Khánh, đồng thời cải cách hoạt động ngân hàng với các lĩnh vực: tiền tệ, tín dụng, thanh toán, xây dựng tác phong làm việc mới, đào tạo cán bộ nghiệp vụ có chuyên môn sâu và đầu tư xây dựng mạng lưới thanh toán điện tử trong toàn hệ thống, hệ thống rút tiền tự động ATM, tham gia mạng lưới thanh toán quốc tế qua mạng Swiff, giúp luân chuyển nhanh vốn trong nền kinh tế, đáp ứng nhu cầu của khách hàng.