Xét cả quá trình trong những năm vừa qua, nếu tính từ năm 1989, năm đầu tiên nước ta tham gia thị trường buôn bán gạo thế giới với tư cách là nước xuất khẩu, có thể tóm lược trước hết về cơ chế điều hành đối với từng thời kỳ cụ thể như sau năm 1990 chưa có cơ chế rõ ràng.
Năm 1991 – 1992, với chủ trương là mở rộng để tiêu thụ hàng hoá nên
khuyến khích nhiều doanh nghiệp tham gia xuất khẩu. Thời gian này sản xuất nông nghiệp ở các tỉnh đồng bằng sông Cửu Long phát triển mạnh, trong khi chúng ta thiếu bạn hàng và thị trường.
Năm 1993 – 1996, do tình hình giá gạo thị trường thế giới giảm mạnh, các
công ty lương thực ở các địa phương kinh doanh xuất nhập khẩu gạo bị lỗ, không làm được. Các tỉnh đề nghị chỉ lo khâu sản xuất và cung ứng, tạo chân hàng, tức là thu mua, xay xát, chế biến, vận chuyển nội địa; còn việc xuất khẩu chủ yếu do các doanh nghiệp khối các Bộ, ngành của Trung ương đảm nhiệm. Cơ chế này thực hiện trong cả giai đoạn 1993 – 1996 là một thời gian khá dài.
Đến năm 1997, tình hình tiêu thụ của thế giới trở lại thuận lợi, việc kinh
doanh xuất khẩu gạo có lời. Tuy nhiên tình trạng mua ép giá người sản xuất là nông dân phát sinh, xuất hiện nhiều tiêu cực trong khâu kí kết hợp đồng với thương nhân nước ngoài như việc hoàn giá, độn giá….Chính phủ đã chỉ đạo chấn chỉnh lại việc xuất khẩu gạo và huy động nguồn hàng bằng cách chỉ định
các doanh nghiệp (kể cả các doanh nghiệp địa phương) thực sự kinh doanh gạo nghiêm túc và có hiệu quả làm đầu mối xuất khẩu gạo.
Từ năm 1998 – 2001, ngoài quyết định điều hành xuất nhập khẩu hàng hoá
nói chung, riêng về mặt hàng gạo, Chính phủ đã có các quyết định riêng để điều hành xuất khẩu. Nội dung cơ bản của các quyết định này được thể hiện trên các mặt: Nhà nước điều hành việc xuất khẩu gạo bằng hạn ngạch, chỉ tiêu định hướng (hàng năm công bố hạn ngạch, chỉ tiêu và giao các doanh nghiệp, địa phương thực hiện); Nhà nước quy định giá sàn thu mua lúa nhằm đảm bảo lợi ích của người sản xuất; Nhà nước chọn và chỉ định một số doanh nghiệp trực tiếp xuất khẩu.
Tuy nhiên, do tình hình thị trường tiêu thụ, đặc biệt là hai năm (2000 – 2001) có khó khăn, Nhà nước đã khuyến khích tất cả các doanh nghiệp tìm được thị trường, thương nhân mới, có giá trị xuất khẩu tốt hoặc bảo đảm hiệu quả xuất khẩu thì đều được xuất khẩu. Và hạn ngạch, chỉ tiêu hay đầu mối xuất khẩu đã chỉ ra còn mang ý nghĩa tương đối.
Mặt khác, Nhà nước còn công bố giá sàn và bố trí kế hoạch tài chính mua lúa, gạo tạm trữ khi cần thiết nhằm ổn định giá lương thực trong nước cũng như quyền lợi của người sản xuất hàng hoá. (Thực tế từ năm 2000 – 2001 hạn ngạch chỉ là chỉ tiêu định hướng.
Với yêu cầu thực tế về tình hình xuất khẩu gạo ngày 04.04.2003 Chính phủ đã quyết định số 46/2003/QĐ - TTG về quản lý xuất nhập khẩu hàng hoá
thời kỳ 2003 – 2007. Theo tinh thần của quyết định này, sẽ bãi bỏ cơ chế giao
hạn ngạch xuất khẩu gạo cũng như việc quy định doanh nghiệp đầu mối xuất khẩu. Đây là bước đột phá mới trong cơ chế chính sách, tạo điều kiện thuận lợi cho hoạt động của các doanh nghiệp. Doanh nghiệp thuộc mọi thành phần kinh tế được xuất khẩu gạo chỉ cần có đăng ký kinh doanh ngành hàng lương thực hoặc nông sản. Quyết định này tuy còn có những lo ngại liên quan đến
hiệu quả xuất khẩu khi cạnh tranh quá tự do giữa các doanh nghiệp. Đây là những lo ngại có cơ sở nhưng không thể không thực hiện quản lý điều hành hoạt động xuất khẩu gạo theo quyết định trên. Vì đó là cơ chế phát huy cao nhất khả năng của doanh nghiệp, đáp ứng tiến trình hội nhập hiện nay.
Đối với những hợp đồng xuất khẩu gạo sang một số vị trí thị trường có sự thoả thuận của Chính phủ ta với Chính phủ các nước (hợp đồng Chính phủ), Bộ thương mại, sau khi trao đổi với Hiệp hội lương thực Việt Nam, sẽ chỉ định và chỉ đạo doanh nghiệp làm đại diện giao dịch, kí kết hợp đồng. Sau đó sẽ phân chia số lượng kí kết được trên cơ sở lượng lúa hàng hoá của địa phương để uỷ ban Nhân dân tỉnh trực tiếp giao cho các doanh nghiệp trực thuộc thực hiện, có tính đến quyền lợi của doanh nghiệp ký kết hợp đồng. Kế hoạch trả nợ, viên trợ bằng gạo của Chính phủ hàng năm sẽ được thực hiện theo cơ chế đấu thầu hoặc theo quyết định viện trợ của thủ thướng Chính phủ.
Năm 2008, theo Hiệp Hội Lương thực Việt Nam, chỉ tiêu xuất nhập khẩu gạo năm này là 4,5 triệu tấn và chỉ công bố một lần. Tuy nhiên, riêng gạo nếp và gạo thơm, các doanh nghiệp được xuất khẩu theo yêu cầu. Với lượng gạo không tăng như vậy, Chính phủ xác định thị trường xuất khẩu trọng điểm của gạo Việt Nam là Philippines, Indonesia, Cuba sẽ chiếm khoảng 3 triệu tấn, 1,5 triệu tấn còn lại sẽ xuất khẩu thương mại và các thị trường khác. Để công tác điều hành có hiệu quả, Hiệp Hội đề nghị Bộ Công thương giao cho Hiệp Hội thống nhất các đơn vị hội viên trong thực hiện các hợp đồng tập trung.
Cơ sở để Hiệp Hội phân bổ hợp đồng là kết quả thực hiện 2 năm liền (2006 – 2007), chủ yếu là dựa vào khả năng thực hiện. Đơn vị uỷ thác phải đặt cọc 5% giá trị hợp đồng uỷ thác để bảo đảm thực hiện. Đơn vị này không thực hiện sẽ mất 5% đặt cọc và không được phân uỷ thác tiếp trong một năm sau.
Để bảo đảm an ninh lương thực, tất cả các hợp đồng xuất nhập khẩu đều phải đăng ký thông qua Hiệp Hội trước khi làm thủ tục hải quan. Số lượng đăng ký hợp đồng đơn vị dựa vào số lượng được giao từ đầu năm, khoảng 60% số lượng xuất khẩu trực tiếp bình quân của 2 năm liên tiếp (2006- 2007) để xuất khẩu cho 6 tháng đầu năm và 40 % cho 6 tháng cuối năm. Khi đăng ký hợp đồng các đơn vị phải có báo cáo danh sách các kho gạo tồn kho, tối thiểu là 50% lượng hợp đồng đã ký.
Liên quan đến giá xuất khẩu, Hiệp Hội sẽ thông báo giá xuất khẩu tối thiểu cho các doanh nghiệp, và căn cứ vào đó các doanh nghiệp phải xuất khẩu phù hợp với giá hướng dẫn này.
Để việc điều hành xuất khẩu gạo đạt kết quả, Hiệp Hội cũng đã dự thảo quy chế về việc đăng ký hợp đồng xuất khẩu gạo năm 2008 áp dụng cho tất cả các doanh nghiệp Việt Nam có tham gia xuất khẩu gạo.