Được thành lập theo Quyết định số 796/TTg ngày 18/9/1997 của Thủ tướng Chính phủ với mức vốn điều lệ ban đầu là 800 tỷ đồng với mục tiêu là một NHTM đa năng, vận hành theo cơ chế thị trường, Ngân hàng Phát triển nhà đồng bằng sông Cửu Long được huy động mọi nguồn vốn và đầu tư chuyên sâu và lĩnh vực tín dụng trung dài hạn, đặc biệt là đầu tư xây dựng, phát triển nhà ở và xây dựng kết cấu hạ tầng kinh tế - xã hội.
Bắt đầu hoạt động từ tháng 4/1998, Ngân hàng phát triển nhà đồng bằng sông Cửu Long có trụ sở tại thành phố Hồ Chí Minh và một hệ thống mạng lưới rộng khắp trên toàn quốc với Sở Giao dịch tại thành phố Hồ Chí Minh, 1 Văn phòng đại diện tại Hà Nội, 130 Chi nhánh, Phòng giao dịch tại các vùng kinh tế trọng điểm, 01 Trung tâm tâm thẻ, 01 Công ty chứng khoán và 01 Công ty Cổ phần Bất động sản và xây dựng nhà Mekong.
Theo lộ trình cổ phần hóa các NHTMNN, ngày 17/10/2005, Thủ tướng Chính phủ đã có Quyết định số 266/2005/QĐ-TTg về việc thí điểm cổ phần hóa Ngân hàng Phát triển nhà đồng bằng sông Cửu Long. Qua hơn một năm triển khai, tháng 2/2007, Ngân hàng này đã lựa chọn được tư vấn cổ phần hóa là Ngân hàng Đầu tư Deustche Bank. Đến 24/3/2008, ngân hàng này đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt phương án cổ phần hóa theo Quyết định số 313/QĐ-TTg. Tuy nhiên cho đến nay, ngân hàng này vẫn chưa tiến hành cổ phần hóa xong.