Xác định giá trị của doanh nghiệp vốn là vấn đề rất phức tạp khi tiến hành cổ phần hóa doanh nghiệp nhà nước. Do những đặc thù của mình mà việc xác định giá trị NHTMNN khó khăn hơn nhiều so với các doanh nghiệp nhà nước hoạt động trong các lĩnh vực kinh doanh khác. Theo các quy định của pháp luật hiện hành thì việc xác định giá trị của NHTMNN khi tiến hành cổ phần hóa được thực hiện như sau:
Thứ nhất, NHTMNN phải tiến hành lựa chọn để thuê các tổ chức có chức năng định giá như: các công ty kiểm toán, công ty chứng khoán, tổ chức thẩm định giá, ngân hàng đầu tư trong nước và ngoài nước có chức năng định giá (gọi tắt là các tổ chức tư vấn định giá) thực hiện tư vấn xác định giá trị cho ngân hàng.
Cơ quan quyết định cổ phần hóa lựa chọn tổ chức tư vấn định giá thuộc danh sách do Bộ tài chính công bố (Các tổ chức định giá phải đáp ứng đủ các điều kiện do Bộ tài chính quy định). Trường hợp có từ 02 tổ chức tư vấn định giá đăng ký tham gia cung cấp dịch vụ tư vấn định giá trở lên thì phải tổ chức đấu thầu lựa chọn đơn vị thực hiện tư vấn định giá theo quy định hiện hành.
Tổ chức tư vấn định giá được lựa chọn các phương pháp xác định giá trị doanh nghiệp thích hợp để định giá, bảo đảm các nguyên tắc pháp luật quy định và phải hoàn thành theo đúng thời hạn, đúng các cam kết trong hợp đồng đã ký. Ngân hàng cổ phần hóa có trách nhiệm cung cấp đầy đủ, trung thực các thông tin liên quan đến ngân hàng để tổ chức tư vấn định giá sử dụng trong quá trình định giá.
Tổ chức tư vấn định giá phải chịu trách nhiệm về kết quả xác định giá trị ngân hàng. Nếu kết quả xác định giá trị ngân hàng không bảo đảm đúng quy định của Nhà nước thì cơ quan quyết định cổ phần hóa được phép từ chối không thanh toán phí thực hiện dịch vụ, nếu gây thiệt hại cho Nhà nước thì phải bồi thường và bị loại ra khỏi danh sách của các tổ chức đủ điều kiện tham gia tư vấn định giá.
Thứ hai, về phương pháp xác định giá trị ngân hàng. Hiện pháp luật quy định các phương pháp xác định giá trị ngân hàng như sau: Phương pháp tài sản, phương pháp dòng tiền chiết khấu và các phương pháp khác. Giá trị ngân hàng được xác định trong trường hợp nào cũng không được thấp hơn giá trị ngân hàng trong trường hợp xác định theo phương pháp tài sản. Phương
pháp tài sản là phương pháp xác định giá trị doanh nghiệp trên cơ sở đánh giá giá trị thực tế toàn bộ tài sản hiện có của doanh nghiệp tại thời điểm xác định giá trị doanh nghiệp. Phương pháp dòng tiền chiết khấu là phương pháp xác định giá trị doanh nghiệp trên cơ sở khả năng sinh lời của doanh nghiệp trong tương lai sau đó chiết khấu về thời điểm cổ phần hóa với lãi suất chiết khấu hợp lý. Ngoài ra, ngân hàng có thể sử dụng các phương pháp khác theo thông lệ quốc tế để xác định giá trị doanh nghiệp.