Một trong những trở ngại lớn nhất của Việt Nam trong hoạt động xuất khẩu hàng hóa nói chung và xuất khẩu gạo nói riêng chính là thủ tục hành chính còn rườm rà, phức tạp. Tham gia vào tiến trình toàn cầu hóa, chính phủ Việt Nam đang nỗ lực thực hiện đơn giản hóa thủ tục hành chính nhằm mở rộng giao lưu thương mại, tạo cơ hội cho hàng hóa được thông thương dễ dàng hơn giữa Việt Nam và các nước trên thế giới.
Thủ tục hành chính trong lĩnh vực xuất nhập khẩu như xin giấy phép xuất khẩu, các thủ tục hải quan, thuế... đang được cải cách triệt để, tránh phiền hà sách nhiễu, tạo sự thuận tiện, thông thoáng trong hoạt động và các bước đi của người dân và các doanh nghiệp, giảm thiểu thời gian, chi phí không cần thiết và các hiện tượng tiêu cực khác. Thông qua một loạt các biện pháp như cải cách thủ tục hành chính gắn với thực hiện cơ chế một cửa, công khai hóa, minh bạch hóa các quy định về thủ tục hành chính, mối quan hệ giữa cơ quan hành chính nhà nước với người dân và doanh nghiệp được cải thiện một bước đáng kể.
Ngày 31/3/2010, Bộ Tài chính đã kiến nghị sửa đổi, bổ sung 480 thủ tục hành chính, và kiến nghị thay thế, huỷ bỏ 30 thủ tục hành chính, trong đó, lĩnh vực thuế đạt 256 trong tổng số 330 thủ tục; hải quan đạt 179 trong tổng số 239 thủ tục. Qua tính toán sơ bộ, nếu thực hiện các phương án đơn giản hoá thì dự kiến cắt giảm chi phí tuân thủ thủ tục hành chính tương đương với 31% chi phí hiện tại.
Chính phủ cũng quy định rõ chức năng, quyền hạn của các cán bộ quản lý các cấp từ Trung ương đến địa phương, nâng cao chất lượng làm việc trong các cơ quan nhà nước, xóa bỏ tệ hách dịch, cửa quyền trong xuất nhập khẩu đồng thời đẩy mạnh công tác trau dồi trình độ chuyên môn và ngoại ngữ cho cán bộ công
chức hành chính nhà nước trong lĩnh vực xuất nhập khẩu cũng như đạo đức và trách nhiệm trong công việc.