Về mặt kinh tế, trong hai thế kỷ XVII – XVIII, dưới sự trị vì của các chúa Trịnh, nền kinh tế Đại Việt đã có những nét khởi sắc.
Trước hết đó là sự phát triển của kinh tế Thăng Long, biến nơi đây thành một Kẻ Chợ tấp nập, sầm uất. “Thứ nhất Kinh Kỳ, thứ nhì Phố Hiến” là câu ca dao quen thuộc cho thấy tầm quan trọng của hai đô thị hàng đầu của đất nước trong thời kỳ này là Thăng Long và Phố Hiến. Thăng Long từ trước đó đã là một trung tâm chính trị, kinh tế của đất nước. Đến thời kỳ này, cùng với sự phát triển của các ngành nghề thủ công, kinh tế hàng hóa đã khiến cho kinh đô này ngày càng có vai trò quan trọng về mặt kinh tế. S. Baron khi đến Thăng Long những năm 1685, 1688 đã nhận xét: “Thành phố Kẻ Chợ có thể so sánh với các thành phố ở châu Á nhưng lại đông hơn… các con đường rộng bấy giờ đều trở thành chật chội đến nỗi chen qua đám đông người độ 100 bước trong khoảng nửa tiếng đồng hồ là một điều sung sướng” [34, tr.156].
Thời kỳ này cũng chứng kiến sự hưng khởi của các làng nghề thủ công, đặc biệt là các làng nghề xung quanh Thăng Long. Các làng nghề gốm đã có truyền thống phát triển từ trước đến thời kỳ này lại có điều kiện phát triển hơn như: Bát Tràng, Chu Đậu, Thổ Hà, Hương Canh… Ngoài ra còn các ngành nghề dệt lụa, kéo tơ như: Yên Thái, Nghi Tàm, Bưởi, Trúc Bạch. Tơ lụa thời kỳ này trở thành một mặt hàng nổi tiếng của Đàng Ngoài khiến các lái buôn người Hà Lan, Bồ Đào Nha đặt hàng với số lượng lớn để xuất sang các nước châu Âu [20].
Đại Việt thời kỳ này cũng chứng kiến sự phát triển “tự phát” của ngoại thương, trong đó, Thăng Long – Kẻ Chợ trở thành một trong những trung tâm ngoại thương lớn của cả nước. Các thương nhân Trung Quốc, Nhật Bản, Hà Lan, Bồ Đào Nha, Anh, Pháp là những người ngoại quốc chủ yếu buôn bán với Đại Việt nói chung và Thăng Long nói riêng thời kỳ này. Sự giao thương với nước ngoài phát triển tới mức chúa Trịnh chấp nhận cho thương nhân Hà Lan, Anh mở thương điếm tại Thăng Long, mặc dù những thương điếm này bị hạn chế hoạt động và chỉ tồn tại trong một thời gian. Sự hưng khởi của ngoại thương Đàng Ngoài đã kéo theo sự ra đời và phát triển của hệ thống các cảng thị. Đặc biệt là hệ thống thương mại dọc “sông Đàng Ngoài” mà Hoàng Anh Tuấn đã nhận xét: “Xét một cách tổng thể, sự thịnh đạt của ngoại thương Đàng Ngoài thế kỷ XVII có liên quan trực tiếp đến sự ra đời và phát triển của hệ thống thương mại (commercial system) xoay quanh trục chính là “sông Đàng Ngoài” với 3 khu vực đảm trách 3 chức năng riêng biệt nhưng gắn bó khá hữu cơ với nhau… Thăng Long – Kẻ Chợ là trung tâm thương mại chủ đạo nơi hàng hóa xuất khẩu được sản xuất và tập trung về để thương nhân ngoại quốc cất hàng đưa đi bán khắp thị trường khu vực và châu Âu” [59, tr.56-57]. Như vậy, Thăng Long đóng vai trò rất quan trọng, là đầu mối sản xuất và tập kết hàng hóa trong hệ thống thương mại Đàng Ngoài.
Về nguyên nhân hưng khởi của kinh tế Đàng Ngoài nói chung và ngoại thương nói riêng, tác giả Hoàng Anh Tuấn nhận xét: “Và nếu xét một cách toàn cảnh, sự biến chuyển của kinh tế nói chung và ngoại thương Đại Việt nói riêng thế kỷ XVII chịu sự chi phối mạnh mẽ của hoạt động kinh tế đối ngoại hơn là các tác nhân nội tại khác” [59, tr.60]
Tuy nhiên, tác giả Nguyễn Văn Kim trong bài viết của mình về ngoại thương Đàng Ngoài thời Lê – Trịnh đã có một cách nhìn cởi mở và “thoáng” hơn đối với các chính sách kinh tế nói chung và ngoại thương nói riêng của
các chúa Trịnh. Trước hết, “Chúa Trịnh đã thiết lập nên một hệ thống quản lý năng động, hiệu quả, đạt trình độ cao so với các quốc gia khác ở Đông Nam Á” [20, tr.5]. Không những thế, “Vào thế kỷ XVI-XVIII chính quyền Lê – Trịnh rất chú trọng đến vấn đề ngoại thương và thường trực tiếp giải quyết/can thiệp vào các hoạt động kinh tế đối ngoại” [21, tr.7]. Và lý do của sự đóng cửa giao thương chính là để đảm bảo an ninh cho kinh thành Thăng Long: “Để đảm bảo an toàn cho kinh đô, sau một thời gian thực thi chủ trương đối ngoại tương đối thoáng mở, năm Chính Hòa thứ 8 (1687) chính quyền Lê – Trịnh đã ra lệnh cấm thương nhân ngoại quốc, trong đó có hoa thương lưu trú trong kinh thành” [21, tr. 8]
Nguyễn Thừa Hỷ trong công trình nghiên cứu khá toàn diện về Thăng Long – Hà Nội qua 3 thế kỷ: XVI – XVII – XVIII đã nhận định, có nhiều nguyên nhân dẫn đến sự hưng khởi của thành thị Thăng Long thời kỳ này. Trong đó, một nguyên nhân không thể bỏ qua chính là: “Sự mở rộng diện mạo vật chất của kinh thành và sự lớn mạnh của bộ máy quan liêu lưỡng chế Lê – Trịnh đã tạo nên những trung tâm hấp dẫn cho một luồng chuyển dịch người, hàng hóa và kỹ thuật của các ngành nghề thủ công từ các địa phương về các phố phường Thăng Long” [20, tr.335]. Trong việc mở rộng về vật chất của kinh thành và sự lớn mạnh của bộ máy chính quyền đó có sự đóng góp không nhỏ, nếu không muốn nói là có vai trò chính của các vị chúa Trịnh – những người cầm quyền mà lịch sử đang ngày càng đánh giá công tâm hơn.
Tóm lại, rõ ràng là trong hai thế kỷ các chúa Trịnh nắm quyền cai trị, tình hình chính trị của Đàng Ngoài nói chung và Thăng Long nói riêng đã có sự hưng khởi nhất định. Chắc chắn, trong sự phát triển này có đóng góp không nhỏ của những chính sách của các chúa Trịnh. Dù những chính sách đó nhằm mục đích gì đi chăng nữa (giao thương với các thuyền buôn nước ngoài để mua vũ khí, phục vụ chiến tranh; các ngành nghề thủ công phát triển một
cách tự phát, nằm ngoài chủ trương “trọng nông ức thương” của triều đình…) thì sự phát triển của kinh tế Thăng Long thời kỳ này cũng là một thực tế không thể phủ nhận của lịch sử.