Tuy rủi ro do nghiệp vụ là rủi ro hình thành do những sai sót mang tính kỹ thuật nghiệp vụ trong quá trình thanh toán; nhưng nó còn mang tính không gian và thời gian của yêu cầu phát triển nền kinh tế quốc tế.
Trong thanh toán chuyển tiền, nhờ thu, ngân hàng chỉ giữ vai trò trung gian hưởng hoa hồng nên rủi ro không lớn, ngược lại, trong thanh toán tín dụng chứng từ với sự tham gia của ngân hàng phát hành với tư cách là chủ thể phát hành và thực hiện cam kết thanh toán nên bản chất thanh toán được thay đổi cơ bản. Hơn nữa, phương thức tín dụng chứng từ có sự tham gia của nhiều chủ thể, đặc biệt là nhiều ngân hàng nên rủi ro của các ngân hàng chiếm tỷ lệ rất cao và rủi ro xảy ra với nhiều ngân hàng. Chẳng hạn như:
Rủi ro do Ngân hàng phát hành không làm đúng theo UCP mà L/C đã dẫn chiếu: Theo UCP, Ngân hàng mở được miễn trách nhiệm thanh toán nếu chứng từ xuất trình có khác biệt với các điều kiện và điều khoản của L/C. Tuy nhiên nếu Ngân hàng mở không hành động đúng theo những quy định của UCP thì ngân hàng mở gặp rủi ro trên chính những bộ chứng từ có lỗi đó, như: Thông báo từ chối nhưng không nói rõ sự bất hợp lệ của chứng từ; hoặc những bất hợp lệ này bị Ngân
hàng chiết khấu phủ nhận và trở nên không có giá trị; hoặc thông báo những bất hợp lệ làm nhiều lần, hoặc từ chối chứng từ sau thời hạn cho phép được quy định tại UCP; hoặc đã chuyển giao chứng từ cho người xin mở, hoặc làm mất không trả lại chứng từ cho người xuất trình nguyên vẹn khi ngân hàng nhận được, hoặc không giao chứng từ đó cho bên thứ ba do người xuất trình chỉ định.
- Rủi ro do Ngân hàng phát hành thiếu thận trọng khi lựa chọn Ngân hàng xác nhận L/C
- Rủi ro do Ngân hàng thông báo tín dụng làm sai nghiệp vụ, quy trình:
Ngân hàng thông báo là ngân hàng được Ngân hàng mở L/C yêu cầu thông báo L/C đó cho người bán. Ngân hàng thông báo có trách nhiệm xác minh tính chân thực bề ngoài của thư tín dụng. Rủi ro đối với Ngân hàng thông báo khi quyết định thông báo nhầm phải một L/C giả, một sửa đổi giả mà không ghi chú về tình trạng của L/C theo thông lệ quốc tế phải hoàn toàn chịu trách nhiệm với các bên liên quan.
- Rủi ro do nghiệp vụ của Ngân hàng xác nhận gây nên: Thường là do không nắm được thông tin, nghiệp vụ yếu kém:
Ngân hàng xác nhận thường là ngân hàng lớn, có uy tín hoặc ngân hàng có quan hệ tiền gửi, vay tiền với Ngân hàng phát hành, được ngân hàng này yêu cầu xác nhận và cam kết trả tiền cho người hưởng nếu Ngân hàng phát hành không thực hiện được nghĩa vụ của mình. Trường hợp này xảy ra đối với những L/C có giá trị lớn mà Ngân hàng mở là ngân hàng xa lạ, ít có tiếng tăm, hoặc do nhà xuất khẩu còn thiếu thông tin về nhà nhập khẩu, không am hiểu luật lệ, tập quán của nước đó. Do vậy, việc xác nhận là nhằm ràng buộc trách nhiệm của Ngân hàng xác nhận vào nghĩa vụ thanh toán L/C khi có tranh chấp giữa hai bên phát sinh do luật pháp của hai nước khác nhau. Rủi ro xảy ra đối với Ngân hàng xác nhận là khi không nắm được năng lực tài chính và uy tín của Ngân hàng mở mà xác nhận theo yêu cầu của họ không yêu cầu ký quỹ để rồi cuối cùng, Ngân hàng xác nhận phải chịu trách nhiệm thanh toán thay cho Ngân hàng mở.