Bên cạnh những ưu điểm kể trên, Công ty Đức Minh vẫn còn một vài hạn chế trong hoạt động giao nhận hàng hóa nhập khẩu:
Thứ nhất, tuy ứng dụng được khoa học công nghệ trong nhiều thủ tục giao nhận, cụ thể là tờ khai hải quan điện tử, nhưng nghiệp vụ này vẫn còn tương đối đơn giản, đôi khi gặp phải nhiều sai sót về mã số thuế, số liệu tờ khai,… đối với nhân viên kinh nghiệm làm việc lâu năm. Đối với những lô hàng lớn, cũng yêu cầu thủ tục kê khai tương đối dài và phức tạp, điều này cũng dễ gây nên sai sót trong quá trình nhập tờ khai.
Thứ hai, công tác kiểm tra, chuẩn bị bộ chứng từ đôi khi còn gặp đôi chút khó khăn vì bộ chứng từ có rất nhiều loại giấy tờ, đặc biệt là đối với những đơn hàng lớn: hợp đồng, hóa đơn thương mại, tờ khai thông quan, phiếu đóng gói, chứng nhận xuất xứ,… hoặc chứng từ bị sai lệch, không hợp lệ, mâu thuẫn với hàng hóa,… nên đôi khi dẫn đến trình trạng chậm trễ hoàn thành thủ tục kiểm tra chứng từ để tiến hành các hoạt động sau đó.
Thứ ba, tuy đội ngũ nhân viên tốt nghiệp Đại học chiếm tỷ lệ cao, nhưng nhân viên có chuyên môn ban đầu về xuất nhập khẩu hay giao nhận không hẳn người nào cũng được đào tạo chuyên môn nghiệp vụ ngoại thương. Vì vậy, đôi khi không tự chủ động trong giải quyết các công việc, phải hỏi xin ý kiến của giám đốc nên giảm tiến độ, chất lượng công việc. Làm ảnh hưởng chung đến hiệu quả của cả quy trình thực hiện hợp đồng.
Thứ tư, doanh nghiệp chưa linh hoạt trong việc áp dụng các phương thức thanh toán trong kinh doanh xuất nhập khẩu. Tỷ lệ thanh toán bằng TT còn khá cao. Bên cạnh đó, làm các nghĩa vụ thuê tàu và mua bảo hiểm còn hạn chế, những thủ tục phức tạp khác hay một số phương thức thanh toán khác như L/C vẫn chưa được áp dụng… Vấn đề này không được khắc phục thì khả năng cạnh tranh của công ty sẽ bị giảm trong tương lai.
Thứ năm, tuy công ty đã trang bị phương tiện vận tải và số lượng phương tiện cũng tương đối, nhưng vẫn chưa đủ với những nhu cầu dịch vụ tăng cao. Chính điều này làm kéo dài thời gian thực hiện nghiệp vụ, việc chờ đợi phương tiện vận tải làm trì trệ các hoạt động diễn ra sau đó.
Thứ sáu, các chính sách và quy định của nhà nước có ảnh hưởng rất lớn đến hoạt động kinh doanh xuất nhập khẩu. Tuy nhiên, các chính sách này thay đổi liên tục làm công ty gặp không ít khó khăn trong việc nắm bắt và thực hiện theo quy định đề ra.
Nguồn vốn của doanh nghiệp: Việc huy động vốn của doanh nghiệp thường gặp nhiều khó khăn. Do doanh nghiệp có quy mô nhỏ ngoài ra doanh nghiệp chỉ có các mối quan hệ tốt với ba ngân hàng, vì vậy việc huy động vốn tín dụng cho hoạt
động kinh doanh xuất nhập khẩu khó khăn. Đây có thể nói là điểm hạn chế cho các hợp đồng xuất nhập khẩu của doanh nghiệp.
Hiện nay, do tình hình dịch covid diễn ra phức tạp và lan rộng trên khắp thế giới, hàng hóa của công ty đa phần đều được nhập khẩu từ Trung Quốc. Hàng hóa không được thông quan, khan hiếm hàng, có thể phải tìm nguồn ở những nơi khác và phải chịu giá nhập cao, dẫn đến tình trạng giảm ngân sách vốn của công ty. Dây chuyền sản xuất bị trì trệ, không đủ nguyên liệu đầu vào để sản xuất. Các sản phẩm làm ra thì không bán được hàng, không đảm bảo được đầu ra. Điều này cũng ảnh hưởng đến hiệu quả kinh doanh của công ty, tình hình tài chính cũng bị sụt giảm đáng kể.