Trong những năm vừa qua, cơ chế chính sách thuế đã có những chuyển biến tích cực theo hướng khuyến khích sản xuất trong nước và xuất khẩu. Tiêu biểu như Luật thuế Giá trị gia tăng (GTGT) được sửa đổi, bỏ mức thuế suất 20%, mở rộng áp dụng thuế 0% để khấu trừ và hoàn thuế đầu vào cho hàng hóa xuất khẩu, sửa đổi pháp lệnh thuế thu nhập đối với người có thu nhập cao, miễn giảm thuế sử dụng đất nông nghiệp, đơn giản hóa thủ tục, hồ sơ thuế, cải tiến công tác thanh tra. Tuy nhiên, việc sửa đổi, bổ sung các chính sách thuế thay đổi quá nhanh đã gây lúng túng trong việc quyết định kinh doanh của các DN. Quy trình quản lý và giám sát vẫn còn phiền hà, chồng chéo giữa các cơ quan thuế và hải quan trong đăng ký và cấp mã số thuế, chưa thống nhất trong việc xác định mã số hàng hóa, thuế suất hoặc giá trị tính thuế, cưỡng chế và làm thủ tục hải quan thiếu chính xác.
a. Thuế thu nhập DN
Hiện tại, đối tượng điều chỉnh của Luật thuế Thu nhập DN (TNDN) quá rộng, không phân biệt thành phần kinh tế, quy mô kinh doanh, mà cứ phát sinh thu nhập từ kinh doanh đều chịu thuế TNDN bao gồm cả DN tư nhân, hợp tác xã, cá nhân kinh doanh. Diện điều chỉnh rộng nhưng trong thiết kế chính sách lại sử dụng nhiều tiêu thức chung như phương pháp tính thuế, điều kiện hưởng ưu đãi, mẫu kê khai nộp thuế, quyết toán thuế nên trên thực tế nhiều DNNVV khó tiếp cận được với các tiêu thức này, nếu muốn tiếp cận phải thuê chuyên gia có trình độ tương đối khá, như vậy, DNNVV phải tốn chi phí và đôi khi cũng không tính được hiệu quả của chi phí này.
Phương pháp tính thuế và căn cứ tính thuế chưa phù hợp với DNNVV. Hiện nay chỉ quy định 1 phương pháp tính thuế duy nhất cho tất cả các đối tượng thuộc diện điều chỉnh của thuế TNDN, vì vậy, cách tính duy nhất này không thể đúng và chính xác được với mọi lĩnh vực kinh doanh và cũng không phù hợp được với mọi quy mô kinh doanh, đặc biệt trong các trường hợp quá khác biệt.
Ưu đãi thuế phức tạp: do lồng ghép quá nhiều mục tiêu khác nhau vào chính
sách thuế TNDN nên chính sách ưu đãi trở nên quá phức tạp, vừa áp dụng thuế suất ưu đãi, vừa áp dụng miễn thuế, giảm thuế trong cùng thời gian. Bên cạnh đó, các tiêu thức được hưởng ưu đãi miễn giảm lại chồng chéo nhau do vừa ưu đãi theo ngành nghề, lĩnh vực, vừa ưu đãi theo địa bàn, theo dự án mới, theo số lượng sử dụng lao động, theo tỷ lệ xuất khẩu, theo mức độ áp dụng công nghệ mới, theo sử dụng lao động nữ, sử dụng lao động là người tàn tật, v.v... Vì thế, chính sách ưu đãi không rõ ràng, rất khó hiểu, các DNNVV để tiếp cận được với ưu đãi là rất khó khăn. Với việc thiết kế ưu đãi thuế TNDN như hiện hành làm cho môi trường đầu tư chưa thực sự minh bạch, dẫn tới sự không bình đẳng giữa các DN tương đồng nhau, vai trò của thuế bị hạn chế nhiều, làm tăng chi phí quản lý nhà nước, các nhà đầu tư chưa thực sự an tâm.
b. Thuế Giá trị gia tăng
Luật thuế GTGT được ban hành năm 1997, có hiệu lực từ 01/01/1999 và áp dụng cho mọi cơ sở sản xuất kinh doanh, trong đó có các DNNVV, không phân biệt thành phần kinh tế. Trong quá trình thực hiện thuế GTGT, để phù hợp với trình độ phát triển kinh tế trong từng thời kỳ, Luật thuế GTGT đã được sửa đổi, bổ sung một số quy định vào năm 2003, hiệu lực thi hành kể từ 01/01/2004. Tuy nhiên, thuế GTGT vẫn tồn tại những vấn đề sau:
Chưa quy định ngưỡng (khởi điểm) doanh thu miễn thuế áp dụng đối với
các DN nhỏ.
Theo quy định tại Điều 4 Luật thuế GTGT thì các cá nhân kinh doanh có thu nhập thấp (dưới 290.000 đ/tháng) không phải nộp thuế GTGT. Chưa có ngưỡng doanh thu miễn thuế áp dụng đối với DN. Điều này vừa gây khó khăn cho các cơ sở
kinh doanh nhỏ trong việc thực hiện Luật thuế do họ vẫn phải thực hiện đủ mọi quy trình thủ tục về kê khai, thu nộp, quyết toán thuế như các DN lớn, trong khi họ bị hạn chế về mọi phương diện: vốn, điều kiện kinh doanh, kết quả kinh doanh... vừa tăng chi phí quản lý thuế của cơ quan thuế do số lượng đối tượng nộp thuế mà cơ quan thuế phải quản lý tăng hơn gấp nhiều lần so với số lượng đối tượng nộp thuế doanh thu trước đây. Thực tế, trong số các đối tượng nộp thuế GTGT, số các đối tượng kinh doanh nhỏ chiếm tới gần 90% nhưng số thu mà các DN này đem lại không nhiều, chỉ khoảng xấp xỉ 10% trong tổng số thuế thu được, vì vậy, chi phí quản lý thu thuế đối các đối tượng nhỏ này đôi khi có thể vượt quá số thu thu được.
Thuế GTGT vẫn còn nhiều mức thuế suất.
Mặc dù kể từ 01/01/2004, thuế GTGT chỉ còn 2 mức thuế suất dương là 5% và 10% (chưa kể thuế suất 0% áp dụng cho xuất khẩu) song do các tiêu chí làm căn cứ phân định giữa các mức thuế suất cũng như nguyên tắc áp dụng thuế suất vừa theo sản phẩm, vừa theo mục đích sử dụng của sản phẩm nên trong quá trình thực thi phát sinh nhiều vướng mắc cho DN, nhất là những DNNVV trong quá trình thực thi luật thuế do hạn chế về tiếp cận về thông tin, tư vấn thuế, mối quan hệ với các cơ quan quản lý nhà nước... Tồn tại này đã làm gia tăng chi phí của DN mà các chi phí này không hoàn toàn phụ thuộc vào kết quả hoạt động kinh doanh của DN. Cụ thể như:
Các quy định trong chính sách thuế GTGT đôi khi chưa minh bạch, rõ ràng dẫn đến không nhất quán trong thực hiện, gây tốn kém chi phí cho DN, trong đó, các DNNVV là những nạn nhân chủ yếu.
Trong các văn bản hiện hành về thuế GTGT có quy định về hồ sơ và thủ tục hoàn thuế cho từng trường hợp, DN chậm kê khai hoặc chậm nộp thì bị nộp phạt, tuy nhiên không có quy định chế tài nào đối với việc chậm chễ của cán bộ thuế và cơ quan thuế, dẫn đến nhiều trường hợp hoàn thuế quá chậm làm tăng chi phí hành chính và ảnh hưởng đến hiệu quả sử dụng vốn của DN.
Chưa có quy trình thủ tục hoàn thuế đặc biệt áp dụng cho các đối tượng chuyên kinh doanh xuất khẩu, vì vậy, mọi đối tượng thuộc diện hoàn thuế không
phân biệt hoàn thuế do xuất khẩu hay do đầu tư đều thực hiện chung một quy trình như nhau dẫn đến chưa thực sự tạo thuận lợi cho xuất khẩu. Tồn tại này dẫn đến các DNNVV càng bị yếu thế trong cạnh tranh.