Quá trình hoạt động và thực hiện quy trình nhập khẩu chi nhánh còn có những hạn chế đó là những lỗi, những nguyên nhân từ chính bộ máy quản lý, nhân viên của chi nhánh. Và thể hiện qua:
- Hình thức nhập khẩu chưa đa dạng, chưa tích cực khai thác triệt để mặt hàng đem lại hiệu quả cao. Hiện nay chi nhánh nhập khẩu chủ yếu thông qua hình thức nhập khẩu trực tiếp còn nhập khẩu ủy thác chỉ chiếm tỷ trọng nhỏ. Vì vậy nên chi phí nhập khẩu cao, rủi ro trong kinh doanh lớn do chỉ tập trung vào một loại hình nhập khẩu và gây áp lực lớn đối với vốn chi nhánh, đồng thời lại ít tranh thủ được vốn của bạn hàng.
Do tập trung nhiều vào kinh doanh hai mặt hàng chính là biến tần và các loại bộ nguồn nên rủi ro trong kinh doanh sẽ cao hơn. Một số mặt hàng khác nếu tập trung nghiên cứu phát triển thị trường và đầu tư nhập khẩu thì cũng sẽ mang lại hiệu quả kinh doanh không kém gì hai mặt hàng trên. Vì thế chi nhánh cần mở rộng thêm một số mặt hàng kinh doanh chủ đạo nhằm làm giảm bớt rủi ro.
- Công tác nghiên cứu thị trường chưa được đầu tư đúng mức: tại chi nhánh công tác nghiên cứu thị trường còn thực hiện rời rạc, các cá nhân chưa phối hợp đồng bộ và đoàn kết với nhau, ai cũng muốn khẳng định mình mà ít quan tâm giúp đỡ đồng nghiệp nhất là những đồng nghiệp mới. Thế nên đã thiếu sự hỗ trợ thông tin lẫn nhau làm cho thông tin và phán đoán công việc thiếu chính xác, nên làm giảm hiệu quả không chỉ ở kinh doanh nhập khẩu mà trên toàn doanh nghiệp. Bên cạnh đó, những năm vừa qua, phương pháp thu thập và xử lý thông tin ở chi nhánh được tiến hành thủ công nên nhiều khi không theo kịp và phù hợp với điều kiện khách quan.
Đôi khi vì do có quan hệ làm ăn lâu dài với nhiều công ty, tập đoàn mà chi nhánh phải bỏ qua nhiều mối quan hệ làm ăn mới với giá thành thấp hơn và đem lại hiệu quả cao hơn
- Vòng quay vốn lưu động chậm, vốn vay chủ yếu là của ngân hàng nên làm gia tăng các khoản chi phí khác. Vòng quay của vốn lưu động của chi nhánh chỉ đạt 5 - 6 vòng/năm đây là con số thấp do không chỉ nhập kinh kiện mà chi nhánh còn nhập thêm các hệ thống thiết bị, điều này làm giảm khả năng chủ động trong các cơ hội kinh doanh, từ đó hạn chế lợi nhuận của chi nhánh. Trong khi đó vốn lưu động của chiếm 75%-80% trong tổng số vốn và nhu cầu ngày càng tăng nhưng chủ yếu là do vay ngân hàng làm cho chi phí vốn cao và gánh
nặng trả nợ cao khi điều kiện kinh doanh khó khăn, làm ảnh hưởng đến khả năng tự chủ tài chính của doanh nghiệp