Ngay sau khi Việt Nam gia nhập ASEAN, Tổng cục hải quan đó triển khai kế hoạch thuế quan ưu đói và phi thuế bắt đầu từ 1996 - 2003, giảm dần mức thuế suất 15 nhúm mặt hàng với khoảng 40.000 loại hàng hoỏ với mức thuế từ 20% xuống cũn 5% và đến 0%. Số cũn lại thuộc nhúm thứ 2 sẽ tiếp tục giảm trong thời gian sau đú theo lộ trỡnh chung của AFTA. Đồng thời điều chỉnh thuế nhập khẩu đi tới thống nhất với ASEAN: theo chương trỡnh CEPT. Mặt khỏc, ngành hải quan đó phối hợp với cỏc ngành chức năng xõy dựng danh mục 200.000 mặt hàng xuất nhập khẩu đi tới thống nhất mó số 8 con số theo mó số chung của ASEAN thay cho mó số
6 con số. Ngày 29/9/1999, tại Hội nghị lần thứ 13 Hội đồng AFTA họp ở Singapore, cỏc nước tham gia đó bàn cỏc biện phỏp đẩy nhanh tiến trỡnh thực hiện AFTA tiến tới loại bỏ hàng rào thuế quan và phi thuế quan trong ASEAN, và thoả thuận tạo thuận lợi cho nhau giao lưu thương mại trong thời gian tới.
Đối với 6 nước thành viờn cũ sẽ thực hiện đưa 85% số sản phẩm cú thuế suất từ 0 đến 5% vào năm 2000, và đến 2002 sẽ đưa 100% sản phẩm cú thuế suất đú (sớm hơn 1 năm). Đồng thời, hội nghị cũng khuyến khớch cỏc nước thành viờn mới giảm thuế suất cũn 0 - 5% vào năm 2003 đối với Việt Nam, và 2005 đối với Lào và Mianma. Đến năm 2005, thuế suất nhập khẩu của 6 nước thành viờn cũ là 0%, và 4 nước thành viờn mới sẽ thực hiện mức thuế này vào năm 2008. Việt Nam đệ trỡnh 4 Danh mục hàng hoỏ của mỡnh để tham gia chương trỡnh cắt giảm thuế quan. Việc phõn loại hàng hoỏ vào cỏc Danh mục về cơ bản được tiến hành theo như cỏc quy định của ASEAN. Trờn thực tế, hướng chớnh khi xõy dựng cỏc Danh mục là đưa cỏc mặt hàng hiện đang cú thuế suất thấp vào cỏc Danh mục cắt giảm và mở rộng phạm vi của Danh mục loại trừ tạm thời để trỡ hoón thời điểm thực hiện việc cắt giảm, đảm bảo yờu cầu khụng gõy ra tỏc động lớn cho nền kinh tế trong một thời gian trước mắt, kộo dài đến mức cú thể sự bảo hộ đối với sản xuất trong nước để cú thờm thời gian chuẩn bị. Việt Nam tham gia tớch cực vào quỏ trỡnh đơn giản hoỏ cỏc thủ tục xuất nhập khẩu như: Thủ tục nộp khai hoỏ hàng hoỏ khi xuất khẩu, nhập khẩu, kiểm tra hàng hoỏ, cấp giấy chứng nhận xuất xứ hồi tố, hoàn thuế. Việc hải quan Việt Nam cựng với hải quan cỏc nước ASEAN thống nhất thành lập cửa giải quyết thủ tục hải quan riờng cho cỏc mặt hàng nhập khẩu theo Hiệp định CEPT tại cửa khẩu của mỗi nước thành viờn mà thủ tục hải quan trung bỡnh giảm xuống cũn 3 giờ 45 phỳt thay giờ 9 giờ 30 phỳt.