Hệ thống thanh toán bù trừ của NHNN đợc triển khai từ năm 1991 với ph- ơng thức xử lý thủ công hoàn toàn thông qua các chứng từ giấy. Với t cách là NH chủ trì, NHNN chi nhánh tỉnh, thành phố thực hiện bù trừ các món thanh toán giữa các NHTM trên địa bàn theo từng phiên họp thanh toán bù trừ. Sau hơn 10 năm hoạt động, ứng dụng CNTT vào hoạt động của ngành NH, tháng 5/2002, NHNN đã bắt đầu chính thức tiến hành triển khai hệ thống thanh toán bù trừ điện tử để thay thế cho hệ thống thanh toán bù trừ giấy. Đến nay, hệ thống thanh toán bù trừ điện tử đã đợc triển khai tại 58/63 tỉnh, thành phố trên cả nớc. Tại 5 địa bàn đã triển khai hệ thống thanh toán điện tử liên ngân hàng là Hà Nội, TP Hồ Chí Minh, Cần Thơ, Hải Phòng và Đà Nẵng vẫn còn áp dụng hệ thống thanh toán bù trừ giấy do Kho bạc Nhà nớc và một số NHTM cha đủ điều kiện trở thành thành viên của Hệ thống thanh toán điện tử liên NH hoặc cha muốn tham gia. Trung
bình mỗi tỉnh có 8 thành viên tham gia. Tại mỗi trung tâm bù trừ, trung bình xử lý từ 400-600 giao dịch/ngày.
Sau 6 năm triển khai, hệ thống thanh toán bù trừ điện tử đã và đang hoạt động ổn định, an toàn, hiệu quả, góp phần đẩy nhanh tốc độ thanh toán trong nền kinh tế. Có thể nói đây là một kênh thanh toán tơng đối thuận tiện cho các NHTM vì các thao tác thực hiện đơn giản, phần mềm dễ xử lý, mức phí thấp,…