Trong bối cảnh thị trờng bất lợi nên cà phê Việt Nam đã bộc lộ những yếu kém do thiếu tính cân đối, đồng bộ vững chắc giữa trồng trọt và chế biến, dẫn đến cà phê có chất lợng thấp, sản phẩm cà phê còn đơn điệu. Mặt khác nông dân Việt Nam dùng phơng pháp sấy khô để sơ chế sau thu hoạch, hạt cà phê đợc sấy khô ngoài trời bằng cách trải chúng phơi trên đất. Nhiều nông trang nhà nớc dùng sân phơi bằng gạch, một số nông dân dùng sân bê tông hay tấm nhựa nhng công suất nói chung rất hạn chế. Việt Nam chỉ có 0,8 ha sân phơi phù hợp trên 100 ha sản xuất cà phê so với tối u là 3 ha trên 100 ha (VET 1998 trang 36 - trích trong Minot 1998, P.57). Do vậy cà phê Việt Nam phơi quá dầy trên sân, độ dầy phơi trên sân là hơn 40cm. Số còn lại phơi trên nền đất hay đờng giao thông, nên dẫn tới chất lợng cà phê của Việt Nam thấp, vì nó bị lẫn tạp chất nh đất, đá cũng nh các mùi lạ. Khách hàng Châu Âu cho rằng cà phê của Việt Nam có độ ẩm vợt quá giới hạn 13%, lẫn nhiều quả cha chín, hạt đen, vỡ... Các nhà nhập khẩu cũng cho rằng có rất nhiều hạt lỗi trong cà phê của Việt Nam.
Diện tích trồng cà phê của Việt Nam chủ yếu là do các hộ nông dân trồng, nên họ thiếu vốn phải vay ngân hàng để trồng trọt và thu hoạch. Vì thế sau khi thu hoạch họ phải bán sản phẩm càng nhanh càng tốt để trả nợ, hơn nữa do vốn hạn chế nên không đủ khả năng để đầu t cho công nghệ, sân phơi phù hợp để sản xuất cà phê có chất lợng cao. Hơn nữa giá tại vờn do ngời xuất khẩu độc quyền đặt ra, thông qua ngời thu gom và cơ chế giá thiếu động lực thúc đẩy ngời nông dân sản xuất cà phê chất lợng cao.