Hệ thống thanh toỏn điện tử liờn ngõn hàng của NHNN do World Bank tài trợ được đưa vào vận hành từ 2/5/2002 theo Quyết định số 309/QĐ/NHNN của thống đốc NHNN Việt Nam.
Cho đến nay, thanh toỏn điện tử liờn ngõn hàng đó và đang được NHNN triển khai trờn phạm vi toàn quốc theo 2 phõn hệ là: Hệ thống thanh toỏn điện tử liờn Ngõn hàng và Thanh toỏn bự trừ điện tử liờn Ngõn hàng.
- Hệ thống thanh toỏn điện tử liờn Ngõn hàng:
Theo thiết kế, hệ thống này thực hiện những chức năng cơ bản sau: Xử lý cỏc lệnh thanh toỏn giỏ trị cao hoặc khẩn cấp thụng qua tài khoản tiền gửi thanh toỏn của Ngõn hàng thành viờn mở tại Sở giao dịch NHNN theo phương thức quyết toỏn tổng tức thời. Đối với cỏc lệnh thanh toỏn giỏ trị thấp sẽ được xử lý thụng qua thanh toỏn bự trừ trờn cỏc địa bàn (tỉnh, thành phố). Kết quả thanh toỏn được chuyển về trung tõm thanh toỏn quốc gia và sẽ được tiếp tục bự trừ một lần nữa để xỏc định kết quả cuối cựng và quyết toỏn. Hệ thống thanh toỏn điện tử liờn ngõn hàng đó được triển khai tại Sở giao dịch NHNN và 5 tỉnh, thành phố là Hà Nội, Hải Phũng, Đà Nẵng, Cần Thơ và Thành phố Hồ Chớ Minh.
- Thanh toỏn bự trừ điện tử liờn Ngõn hàng.
Hệ thống thanh toỏn bự trừ điện tử liờn ngõn hàng được đưa vào vận hành chớnh thức từ đầu thỏng 1/2003 với chức năng: Xử lý cỏc khoản thanh toỏn chuyển tiền liờn ngõn hàng giỏ trị thấp (dưới 500 triệu đồng). Hệ thống này được thiết kế theo mụ hỡnh kết hợp thanh toỏn tổng tức thời và rũng.