Do đặc thù riêng của DNNVV và xét trong hoàn cảnh chung của nền kinh tế, hiện tại DNNVV đang đứng trớc những khó khăn cần phải tháo gỡ và quá trình phát triển DNNVV đã và đang bộc lộ một số hạn chế chủ yếu. Đó là do quá trình phát triển DNNVV đang trong giai đoạn khởi đầu nên khả năng tích luỹ vốn còn hạn chế là khó khăn tất yếu. Theo đánh giá của Phòng Thơng mại và Công nghiệp Việt Nam, tình trạng thiếu vốn đang là khó khăn lớn nhất đối với các doanh nghiệp. Các doanh nghiệp lâm vào tình trạng khó khăn về tài chính trớc hết do bản thân các doanh nghiệp thiếu tài sản thế chấp ngân hàng, trong khi đó mức cho vay dờng nh vẫn bị hạn chế. Do vậy, các DNNVV cũng nh các doanh nghiệp hoạt động độc lập có kế hoạch mở rộng sản xuất thì lại thiếu vốn để đa các kế hoạch đó vào thực hiện. Hơn nữa, do hầu hết các khoản vay đều là ngắn hạn với lãi suất cao nên các DNNVV cho dù đợc phép vay vẫn khó tìm đợc nguồn vốn trung và dài hạn. Bên cạnh đó, hiện nay cha có đủ các quy định pháp lý đảm bảo cho các doanh nghiệp của ta có thể tiếp cận thờng xuyên, nhằm tiến tới khả năng vay vốn từ các tổ chức tài chính bên ngoài một cách rộng rãi và ổn định hơn.[15], [25]
Khó khăn tiếp theo cũng bắt nguồn từ nguồn vốn hạn hẹp của các doanh nghiệp nên các doanh nghiệp không có điều kiện đầu t đổi mới trang thiết bị, nâng cấp công nghệ sản xuất để mở rộng năng lực sản xuất. Do đó, năng suất lao động nói chung còn thấp, chất lợng sản phẩm nói chung cha đáp ứng đợc yêu cầu thị trờng. Trên thực tế, có rất nhiều doanh nghiệp hiện đang sử dụng trang thiết bị không đồng bộ và hỗn tạp do nhiều nớc sản xuất.[15]
Một khó khăn cần đợc quan tâm là các DNNVV rất thiếu thông tin về thị tr- ờng, do đó họ tham gia vào các hoạt động thị trờng không mang tính định hớng chiến lợc. Về phía các doanh nghiệp này, phần lớn cha chủ động tự giác tham gia vào các tổ chức, hiệp hội để từ đó nắm bắt thêm nguồn thông tin cần thiết cho một chiến lợc kinh doanh lâu dài. Một số đại diện của các DNNVV phải thừa nhận rằng họ hầu nh có rất ít thông tin về thị trờng liên quan đến doanh nghiệp họ. Nếu có nguồn thông tin thì cũng khó đảm bảo độ chính xác và kịp thời. Điều này ảnh hởng không nhỏ đến quyết định sản xuất - kinh doanh của các doanh nghiệp. Đặc biệt là thị trờng xuất khẩu đối với các DNNVV, những vấn đề nh yêu cầu giấy phép xuất khẩu, hạn ngạch xuất khẩu, các thủ tục xuất khẩu rờm rà tạo thành một trở ngại trên thực tế buộc các DNNVV phải xuất khẩu hàng của mình thông qua các Tổng công ty Ngoại thơng của Nhà nớc hoặc các doanh nghiệp Nhà nớc (mặc dù gần đây đã có quyết định cho phép các DNNVV trực tiếp xuất khẩu hàng hoá của mình với bạn hàng nớc ngoài nhng hiệu quả còn hạn chế). Chế độ tài trợ dành cho xuất khẩu đối với các DNNVV còn cha rõ ràng cộng với thông tin về tình hình thị trờng quốc tế không đợc cập nhật đã hạn chế hoạt động của DNNVV rất nhiều.[25]
Nguồn nhân lực hoạt động trong các DNNVV cũng là một vấn đề đáng quan tâm. Nhiều chủ doanh nghiệp cha đợc đào tạo chuyên môn bài bản, đội ngũ công nhân lành nghề và kỹ s bậc cao bị thiếu hụt là những khó khăn cản trở sự phát triển của các doanh nghiệp. Đặc biệt trong quá trình cạnh tranh mang tính toàn cầu nh hiện nay thì vấn đề “chảy máu chất xám” nói chung, hay nói cách khác là vấn đề thu hút nhân tài vào làm việc trong các DNNVV của Việt Nam cũng là vấn đề đợc đặt ra.[22]
Về phía Nhà nớc, vai trò của DNNVV đợc quan tâm cha đúng mức. Điều này xuất phát từ chỗ luật pháp còn phân biệt đối xử đối với DNNVV và các doanh nghiệp quốc doanh, khung pháp lý cho các DNNVV cha rõ ràng, sự ủng hộ của các cơ quan chức năng cha đợc kịp thời. Bởi vậy, nhiều chủ doanh nghiệp đã kiến nghị sớm đợc tạo điều kiện thuận lợi để đợc phát triển trong một “sân chơi bình đẳng”, tiếp nhận thông tin thị trờng và sự chuyển giao công nghệ tiên
tiến từ nớc ngoài, rút ngắn khoảng cách giữa ngân hàng và DNNVV để các doanh nghiệp đợc hởng chính sách hỗ trợ tài chính đủ mạnh, đặc biệt là nguồn vốn trung và dài hạn (mặc dù điều nay gần đây đã đợc cải thiện tốt hơn).[15], [22],
[25], [33]