Tổ chức công tác kế toán của xí nghiệp phù hợp với yêu cầu của cơ chế quản lý trong nền kinh tế thị trường. Bộ máy kế toán gọn nhẹ cùng đội ngũ nhân viên kế toán đều tốt nghiệp đại học chính quy chuyên ngành kế toán nên luôn hoạt động có hiệu quả. Tuy vậy đội ngũ kế toán của xí nghiệp không ngưng nâng cao trình độ chuyên môn, trình độ quản lý để nắm bắt kịp thời với sự thay đổi của chế độ kế toán nhằm phục vụ lợi ích kinh tế của xí nghiệp.
Hiện nay xí nghiệp đã sử dụng mô hình kế toán tập trung rất phù hợp với năng lực quản lý và hình thức tổ chức sản xuất theo phương thức kế toán của xí nghiệp.
Tất cả các nghiệp vụ kinh tế phát sinh đều được xử lý tại phòng kế toán, giúp kế toán kiểm soát và nắm bắt kịp thời toàn bộ hoạt động kinh tế của xí nghiệp.
Ngoài ra công tác kế toán của xí nghiệp Sông Đà 12.5 được sự giúp đỡ của phần mềm SAS . Nhờ có phần mềm kế toán này khối lượng công việc ghi chép hàng ngày, cuối tháng giảm đáng kể trong khi vẫn đảm bảo tính đầy đủ chính xác của số liệu kế toán. Công việc hàng ngày của phòng kế toán được tập trung vào khâu thu thập, xử lý chứng từ, nhập số liệu và nội dung các nghiệp vụ kinh tế trên chứng từ gốc hoặc bảng tổng hợp chứng từ gốc cùng loại vào máy . Sau khi nhập số liệu vào các chứng từ mã hóa trên máy, chương trình sẽ tự động chuyển số liệu vào các sổ kế toán liên quan.
Xí nghiệp áp dụng hình thức nhật ký chung trong công tác kế toán. Hình thức này có ưu điểm đơn giản, dễ sử dụng, các nghiệp vụ kinh tế phát sinh được phản ánh rõ trên sổ nhật ký chung, sổ cái, sổ chi phí tiết theo trình tự thời gianvà định khoản. Tuy nhiên hình thức này cũng có nhược điểm khối lượng công việc ghi chép lớn do các nghiệp vụ kinh tế phát sinh cùng một lúc phải ghi vào nhiều loại sổ khác nhau. Việc sử dụng phần mềm kế toán SAS đã giúp xí nghiệp khắc phục được nhược điểm của hình thức kế toán nhật ký chung.