Là tiến hành kiểm soát việc sử dụng đúng các kỹ thuật kiểm toán, kiểm soát việc áp dụng đúng các thủ tục kiểm toán. Mục tiêu của kiểm soát hồ sơ là xem xét công tác kiểm toán đã thực hiện phù hợp với chuẩn mực kiểm toán quốc tế, quốc gia và của công ty; xác định những lĩnh vực cần được đào tạo hay hỗ trợ thêm; xác định những nhà quản lý, kiểm toán viên yếu kém; đào tạo những người sẽ chịu trách nhiệm kiểm tra chất lượng.
Các công ty kiểm toán thường lập ra bộ phận kiểm soát chất lượng để tiến hành kiểm soát chất lượng của công ty. Các nhân viên làm việc trong phòng này đòi hỏi phải độc lập, phải được Ban giám đốc bổ nhiệm, ít nhất phải có một người phụ trách là thành viên trong Ban giám đốc, những cộng sự cùng làm với người phụ trách ít nhất phải là kiểm toán viên chính.
Các thủ tục cần áp dụng khi kiểm tra hồ sơ: Chọn các hồ sơ kiểm toán; chọn người kiểm soát; kiểm tra phần hình thức của hồ sơ để đáp ứng cho mục tiêu chất lượng, thảo luận với các cộng sự trong nhóm về hồ sơ kiểm toán đó, kiểm tra mức độ tuân thủ các chính sách kiểm soát chất lượng mà công ty đã thiết kế.
Khi đã xem xét xong, bộ phận kiểm soát chất lượng cần theo dõi mức độ thực hiện các hành động cần cải tiến đã nêu lên trong kết luận ghi ở báo cáo kiểm
soát. Đồng thời ghi nhận lại những thông tin phản hồi của các nhóm kiểm toán để hoàn thiện hệ thống kiểm soát chất lượng hiện tại công ty đang áp dụng.