- Vì tính đặc thù của ngành nghề, quy định buộc nhà máy giết mổ phải cách xa nơi dân cư cũng là nguyên nhân gây khó khăn trong việc tuyển dụng nhân sự có tay
nghề cao, nhất là những vị trí quan trọng của D&F. Vì thế, việc học hỏi để tích lũy kinh nghiệm trong thời gian đầu và phát triển, duy trì đội ngũ nhân lực có tay nghề
trong quá trình điều hành hoạt động sản xuất kinh doanh gặp khó khăn.
- Do nhân sự của D&F chưa có kinh nghiệm nhiều trong ngành chế biến thực phẩm nên việc điều hành quản lý hoạt động sản xuất kinh doanh chưa đạt kết quả
như mong muốn và chưa khai thác được hiệu quả của máy móc thiết bị. Trong thời gian đầu, do thao tác chưa thuần thục, chưa nắm vững được quy trình công nghệ giết mổ hiện đại nên đôi lúc sản phẩm sản xuất ra còn bị lỗi về kỹ thuật như: trắng thịt, chảy nước, chín thịt, tái màu...; đến nay các vấn đề trên đã được khắc phục.
- Chưa tạo dựng được uy tín thương hiệu D&F thành thương hiệu mạnh.
- Công tác triển khai thị trường còn yếu. D&F chưa phát huy được hết tiềm năng của mình là do chưa có bộ phận chuyên trách về Marketing - nghiên cứu thị
trường. Chính điều này đã làm cho kế hoạch kinh doanh của D&F có những thiếu sót không lường trước được những tác động ngoại vi ảnh hưởng đến kết quả hoạt động kinh doanh. D&F hầu như chưa tích cực tìm kiếm thị trường, chưa mạnh dạn trong việc dự báo khả năng tiêu thụ, nhu cầu trong tương lai của thị trường. Theo đó, thực tế cho thấy D&F chưa có độ nhạy, nắm bắt thông tin thị trường.
- Hiện nay, D&F chưa chủ động được nguồn nguyên liệu do đó phải tổ chức thu mua từ bên ngoài theo giá thị trường (mặc dù mua nguyên liệu của một số công ty con thuộc Tổng công ty nhưng đây là những đơn vị hạch toán độc lập nên giá do họ quyết định theo giá thị trường tại từng thời điểm), là một trong những nguyên nhân làm tăng chi phí, giá thành sản xuất tăng, hiệu quả kém.
- Các sản phẩm sản xuất trên dây chuyền hiện đại và phải được bảo quản, vận chuyển bằng hệ thống xe lạnh theo đúng quy định, do đó sẽ rất khó đưa vào bán tại các chợ truyền thống của Việt Nam (các chợ truyền thống của Việt Nam hiện nay
đều bày hàng trực tiếp trên các quầy - sạp, không bảo quản lạnh). Trong năm 2008, D&F có hợp tác với một số công ty đưa hàng vào chợ truyền thống bán thử, tuy nhiên đã không thành công do sản phẩm của D&F giết mổ và bảo quản lạnh nên khi
đưa ra chợ bày bán ở nhiệt độ thường bị chảy nước, tái màu do biến động nhiệt độ. - Giá bán các sản phẩm gia súc, gia cầm tại các chợ đầu mối thay đổi linh hoạt
và liên tục trong ngày theo chất lượng và quy luật cung - cầu, tuy nhiên D&F là doanh nghiệp Nhà nước nên sự thay đổi giá bán phải tuân theo một số nguyên tắc và quy trình quản lý nhất định nên mức độ linh hoạt về giá không cao.
- D&F đầu tư dây chuyền giết mổ hiện đại với giá trị đầu tư lớn, do đó chi phí khấu hao, chi phí sản xuất rất lớn so với các cơ sở giết mổ khác tại Việt Nam khiến giá thành sản xuất của D&F tăng cao so với các đối thủ cạnh tranh nhưng giá bán phải theo mặt bằng giá thị trường dẫn đến bị lỗ trong những năm đầu.