Tổng số công chức ngành thuế Phú Yên là 426 người năm 2003, đến năm 2007 là 430 người. Trong đó tỷ lệ nam giới chiếm 71,86%, nữ giới chiếm 28,14%. Tuổi bình quân tương đối cao là 42 tuổi vào năm 2003 và 44 tuổi vào năm 2007. (Phụ lục 2)
Tổ chức bộ máy thanh tra thuế chưa tương xứng với khối lượng doanh nghiệp hiện có trên địa bàn từ 1.013 doanh nghiệp (2003) đến năm 2007 là 1.867doanh nghiệp, và chưa phù hợp với vai trò của công tác thanh tra thuế theo cơ chế mới. Lực lượng công chức thanh tra thuế chuyên trách qua các năm từ 60 người vào năm 2003 chiếm 14,08% đến năm 2007 lực lượng này là 65 người chiếm 15,12% công chức trong ngành, ở các nước trong khu vực và trên thế giới chỉ số này thường chiếm từ 25% đến 30%[2]. (Phụ lục 2)
Về tổ chức cơ cấu, chức năng bộ máy thanh tra, kiểm tra tại Văn phòng Cục thuế chưa phù hợp.Giai đoạn từ 2003 đến trước ngày 01/7/1007: Tổ chức bộ máy quản lý thuế, giai đoạn này đã được củng cố, hoàn thiện nhưng vẫn còn cồng kềnh, chồng chéo về chức năng, nhiệm vụ giữa các bộ phận. Tổ chức bộ máy của cơ quan thuế chưa
kết hợp tốt quản lý theo đối tượng và theo chức năng. Công việc thanh tra, kiểm tra thì có tới 2 bộ phận đều làm đó là Phòng thanh tra và Phòng Quản lý doanh nghiệp. Phòng thanh tra chủ yếu thực hiện chức năng kiểm tra quyết toán thuế mặc dù là tên gọi là Phòng thanh tra.
Giai đoạn từ ngày 1/7/2007 đến nay:
Phòng Kiểm tra thuế với số lượng 8 người, Phòng thanh tra thuế 8 người so với tổng số công chức thuế tại Cục thuế 80 người tỷ lệ này là 20%. Với số Doanh ngiệp mà Cục thuế quản lý hiện nay gần 400 doanh nghiệp theo chúng tôi với cơ chế quản lý thuế tự khai tự nộp thì số lượng công chức làm công tác thanh tra trên số DN là 50DN/cán bộ (chưa tính số lượng người nộp thuế ở các Chi cục thuế, vì Chi Cục thuế không có chức năng thanh tra), số lượng cán bộ làm công tác kiểm tra thuế 50DN/cán bộ là không đủ để thực hiện chức năng này hiệu quả, nhất là công chức làm kiểm tra hồ sơ tại cơ quan thuế không có đủ thời gian kiểm tra hết tất cả hồ sơ khai thuế.
Thực hiện mô hình quản lý thuế chức năng theo cơ chế tự khai tự nộp thì số lượng công chức thuế làm công tác thanh tra kiểm tra phải đủ mạnh cả về số lượng lẫn chất lượng. Đến nay sau khi đã thực hiện cơ chế quản lý mới này nhưng số lượng công chức làm công tác bố trí ở hai phòng này không tăng. Trong khi đó chức năng thanh tra kiểm tra thuế theo mô hình quản lý này là một mắc xích cực kỳ quan trọng. Nếu không đủ mạnh thì quản lý thuế sẽ không hiệu lực hiệu quả vì chúng ta đã chuyển từ cơ chế “tiền kiểm” sang “hậu kiểm”. Số lượng cán bộ làm công tác kiểm tra thuế với nhiệm vụ như đã nêu ở trên là vừa kiểm tra hồ sơ khai thuế tại cơ quan thuế vừa thực hiện kiểm tra tại doanh nghiệp. Chúng tôi đưa ra con số cụ thể: Với số lượng 8 cán bộ/Phòng, 1 trưởng phòng, 1 phó trưởng phòng thì phòng kiểm tra thì chỉ còn lại 6 cán bộ là công tác kiểm tra hồ sơ khai thuế của 400 DN với số tờ khai theo các sắc thuế, phí, lệ phí bình quân 1000 tờ khai/tháng (bao gồm tờ khai thuế hàng tháng, quý, tờ khai quyết toán năm) chưa kể những bộ hồ sơ hoàn thuế theo thống kê qua các năm bình quân khoảng 3 đến 4 hồ sơ đề nghị hoàn/tháng đòi hỏi phải kiểm tra kỹ lưỡng. Như vậy một
công chức thuế phòng kiểm tra kiểm tra bình quân một tháng 166 tờ khai thuế và phải thực hiện nhiệm vụ khai thác dữ liệu hồ sơ khai thuế hàng tháng của người nộp thuế, thu thập thông tin, phân tích, đánh giá, so sánh với các dữ liệu thông tin của cơ quan thuế; kiểm tra tính trung thực, chính xác của hồ sơ khai thuế; phát hiện những nghi vấn, bất thường trong kê khai thuế, ghi kết quả nhận xét vào phiếu theo từng sắc thuế. Kiểm tra, đối chiếu trả lời xác minh hoá đơn của các Cục thuế khác đề nghị xác minh, và nhất là công tác kiểm tra các hồ sơ miễn, giảm, hoàn thuế, và công tác kiểm tra thuế tại doanh nghiệp khi đơn vị không giải trình được các số liệu nghi ngờ trên tờ khai. Thực tế, thời gian qua phòng kiểm tra thuế chỉ thực hiện kiểm tra hồ sơ thuế chỉ đạt 50% trên số lượng tờ khai và chất lượng kiểm tra không đạt như mong muốn. Theo chúng tôi được biết Tổng cục thuế cũng đã yêu cầu các Cục thuế phải kiểm tra tại bàn 100% hồ sơ khai thuế nhưng các Cục thuế báo cáo là không đủ nguồn lực để kiểm tra hết tất cả chỉ thực hiện khoảng 60 đến 70% nhất là các Cục thuế lớn. Công việc kiểm tra hồ sơ khai thuế chưa theo một qui trình, công chức kiểm tra thường theo kinh nghiệm của mình, chủ yếu là kiểm tra số học trên hồ sơ khai thuế. Chưa chủ động tìm hiểu, khai thác những thông tin liên quan đến hoạt động sản xuất kinh doanh của người nộp thuế. Từ đó dẫn đến không phát hiện được những sai phạm thể hiện ngay trên hồ sơ khai thuế, vai trò của “người gác cổng”, ngăn chặn những lỗi kê khai từ ngay lúc ban đầu đã không phát huy tác dụng.
Số lượng cán bộ thanh tra là 8 người thì hàng năm chỉ thực hiện khoảng hơn 20 cuộc thanh tra là quá ít so với yêu cầu. Theo quy định thì các Chi cục thuế không có bộ phận thực hiện chức năng thanh tra thuế, chỉ thực hiện công tác kiểm tra. Do đó khi doanh nghiệp có dấu hiệu trốn thuế, có vụ việc phức tạp thì chuyển về hồ sơ đề nghị phòng thanh tra thanh tra thuế. Cục thuế tỉnh Phú yên có 8 Chi cục thuế trực thuộc, với đặc điểm là các Chi cục thuế quản lý chủ yếu là các Doanh nghiệp Ngoài Quốc Doanh, rủi ro về thất thoát tiền thuế ở các doanh nghiệp này là cao nhất. Năm 2007, 8 chi Cục đã lập kế hoạch đề nghị Cục thuế thanh tra là 20 đơn vị. Theo Luật quản lý thuế, thì các
trường hợp thanh tra thuế là các đơn vị có số thu nộp thuế lớn, có dấu hiệu trốn thuế, thanh tra giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế. Cục thuế tỉnh Phú Yên quản lý có những đơn vị có số thu lớn chiếm tỷ trọng cao trong tổng số thu, số đơn vị rủi ro về thất thoát tiền thuế qua phân tích thông tin (phân tích rủi ro về thuế) thì kế hoạch phải thanh tra hàng năm khoảng 40 doanh nghiệp. Như vậy với số lượng công chức rất mỏng phân tán thành hai phòng: phòng kiểm tra, phòng thanh tra nên kết quả thời gian từ ngày 1/7/2007 số lượng đơn vị thanh tra và kết quả thanh tra giảm so với các năm trước.