Do luật doanh nghiệp quá thông thoáng, việc thành lập doanh nghiệp rất dễ dàng, không bị ràng buộc bởi các điều kiện về vốn, nhân thân, cơ quan cấp phép đăng ký kinh doanh không thực hiện tốt việc “hậu kiểm” do đó nhiều đối tượng lợi dụng thành lập doanh nghiệp để kinh doanh trốn thuế, mua bán hoá đơn .
Nguyên nhân là do thiếu giám sát của Sở Kế hoạch và Đầu tư tỉnh Phú Yên, thiếu sự xác minh, đối chiếu của cơ quan thuế, thiếu sự phối hợp chặt chẽ giữa cơ quan cấp giấy đăng ký kinh doanh và cơ quan quản lý thuế tạo kẻ hở cho ĐTNT thành lập doanh nghiệp kinh doanh nhưng không thực hiện nghĩa vụ thuế, trốn thuế.
Qua phân tích thực trạng và nguyên nhân dẫn đến thực trạng trên đòi hỏi ngành thuế phải có phương hướng nhằm hoàn thiện thanh tra, kiểm tra trên mọi lĩnh vực từ tổ chức bộ máy, từ cách thức thanh tra, kiểm tra có tính đến mức độ rủi ro về thuế, về đội ngũ công chức thanh tra, kiểm tra thuế … để cho việc thực hiện cơ chế quản lý thuế mới mang lại hiệu lực, hiệu quả.
Kết luận chương II:
Trong chương II, luận văn đã đề cập đến những đặc điểm kinh tế, xã hội của tỉnh Phú Yên trong tác động đến công tác thuế nói chung và thanh tra, kiểm tra thuế nói riêng. Luận văn tập trung phân tích, đánh giá thực trạng về tổ chức, bộ máy Cục thuế tỉnh Phú Yên trong thanh tra, kiểm tra thuế và những điều kiện trước yêu cầu đổi mới thanh tra, kiểm tra thuế theo cơ chế tự khai, tự tính, tự nộp thuế. Trên cơ sở đó luận văn khẳng định những thành tựu và rút ra 5 nhóm nguyên nhân hạn chế đối với thanh tra, kiểm tra thuế theo cơ chế tự khai tự nộp trên địa bàn tỉnh như: Nguyên nhân từ tổ chức bộ máy Cục thuế tỉnh Phú Yên trong tác động đối với thanh tra, kiểm tra; nguyên nhân từ các đối tượng nộp thuế; nguyên nhân từ nội bộ ngành thuế; nguyên nhân từ chính sách vĩ mô của Nhà nước và các nguyên nhân khác.
Chương III: