kiểm tra tại cơ quan thuế:
Theo cơ chế quản lý thuế hiện hành, việc thanh tra, kiểm tra chủ yếu thực hiện tại cơ sở kinh doanh.Công tác thanh tra, kiểm tra thời gian qua tại trụ sở người nộp thuế cũng còn một số hạn chế nhất định:
- Đối với cơ quan thuế:
Phương pháp thanh tra còn nhắm vào tất cả các ĐTNT, không dựa trên cơ sở đánh giá mức độ vi phạm, mức độ gian lận của Đối tượng nộp thuế để lập kế hoạch và tổ chức thanh tra đúng đối tượng ngay từ đầu. Vì thế nhiều ĐTNT không có hành vi gian lận cũng tổ chức thanh tra, vừa gây phiền hà cho các đối tượng nộp thuế, vừa lãng phí nguồn nhân lực, tốn kém cho cơ quan thuế.
Chưa phân biệt rõ ranh giới giữa công tác kiểm tra và công tác thanh tra theo kinh nghiêm của các nước: kiểm tra là công việc thường xuyên mang tính nghiệp vụ được thực hiện ngay tại trụ sở cơ quan thuế dựa trên hồ sơ khai thuế của tổ chức, cá nhân nộp thuế hoặc được thực hiện tại cơ sở kinh doanh khi mà cơ sở kinh doanh không giải thích được các số liệu trong hồ sơ khai thuế; còn thanh tra thuế được thực hiện theo định kỳ đối với cơ sở kinh doanh có quy mô lớn, ngành nghề kinh doanh đa
dạng, nộp thuế nhiều; đối với cơ sở kinh doanh có dấu hiệu vi phạm pháp luật thuế và thanh tra để giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế.
Việc phân tích chuyên sâu rủi ro về thuế chưa thực hiện được, do cán bộ thanh tra chỉ dựa trên tờ khai thuế hàng tháng và tờ khai quyết toán thuế năm của doanh nghiệp. Việc phân tích lúc này chỉ tìm ra độ rủi ro thất thu thuế cần thiết cho việc lập kế hoạch thanh tra, kiểm tra.
Chưa áp dụng được các phương pháp đối chiếu so sánh, kiểm tra ngược chiều để tìm ra những bất hợp lý trong quá trình hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp. Đây là khâu tất yếu của quá trình kiểm tra nhưng nếu áp dụng tại doanh nghiệp thì không đủ thời gian, vi phạm thời hiệu kiểm tra, mất thời gian và chi phí qua lại doanh nghiệp mà hiệu quả mang lại chưa cao.
Công việc thanh tra hoàn toàn bằng thủ công, không tập trung vào các khâu gian lận; không ứng dụng tin học vào thanh tra thuế, do đó các cuộc thanh tra thường kéo dài và kết quả rất hạn chế
- Đối với doanh nghiệp:
Thời gian làm việc, tiếp đoàn kiểm tra ít nhiều ảnh hưởng đến hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp. Những đơn vị thực hiện kê khai nộp thuế tốt nhưng vẫn bị thanh tra, kiểm tra gây phiền hà, tốn kém đối với doanh nghiệp.