Qua thực tế công tác thanh tra, kiểm tra, chúng tôi nhận thấy không nhất thiết phải thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở doanh nghiệp. Có những doanh nghiệp hoạt động với quy mô rất nhỏ, các chi nhánh hạch toán phụ thuộc, báo sổ, các đơn vị hoạt động vãng lai, hoặc chỉ những vấn đề nghi vấn trên hồ sơ thuế qua phân tích rủi ro thuế: như kê khai sai chỉ tiêu, xác định miễn giảm thuế không đúng quy định, số liệu trên báo cáo quyết toán thuế không khớp với số liệu trên báo cáo tài chính, hoặc kiểm tra việc sử dụng, ghi chép hoá đơn có đúng theo quy định thì chỉ cần thông báo những nội dung nghi vấn để doanh nghiệp giải trình hoặc điều chỉnh sai sót. Nếu người nộp thuế không giải trình, hoặc không điều chỉnh thì mời đến trụ sở cơ quan thuế để kiểm tra và xử lý vi phạm nếu có.
Việc kiểm tra người nộp thuế tại trụ sở cơ quan thuế là một cách làm mới, làm giảm chi phí của ngành thuế cũng như doanh nghiệp, cần có thay đổi trong suy nghĩ, nhận thức đối với người làm công tác thanh tra, kiểm tra thuế: kiểm tra không nhất thiết phải tiến hành tại trụ sở của ĐTNT, muốn thực hiện được điều này đòi hỏi nhiều vào sự quyết tâm của Ban lãnh đạo Cục thuế và sự ủng hộ của tập thể cán bộ công chức ngành thuế.
Việc kiểm tra thuế người nộp thuế tại cơ quan thuế là việc tiếp xúc trực tiếp với người nộp thuế mà công chức thuế phải thực hiện trong quá trình tập hợp và phân tích rủi ro các thông tin chuyên sâu, nhằm kiểm tra tính xác thực đối với các hồ sơ, thông
tin, các nghi vấn về DN, đề xuất kiến nghị và giải pháp xử lý đối với những nội dung đã được làm rõ (yêu cầu DN thực hiện điều chỉnh theo qui định của các Luật thuế). Chúng tôi đề xuất quy trình kiểm tra người nộp thuế tại cơ quan thuế mà công chức kiểm tra thuế phải thực hiện như sau, công việc kiểm tra doanh nghiệp tại cơ quan thuế do Phòng Kê khai & kiểm tra hồ sơ thuế tại cơ quan thuế thực hiện: