tố chưa phù hợp:
Quy trình thanh tra, kiểm tra thuế ban hành theo Quyết định 1166/QĐ-TCT ngày 31 tháng 10 năm 2005 được xây dựng dựa trên việc khảo sát kinh nghiệm của một số nước tiên tiến trên Thế giới, tuy nhiên do điều kiện nền kinh tế Việt Nam chưa theo kịp trình độ khoa học - kỹ thuật và công nghệ thông tin như các nước nên việc thực hiện quy trình chưa thật sự hoàn hảo:
(Một): Việc lập kế hoạch thanh tra, kiểm tra hàng năm còn dựa vào cảm tính
Việc lập kế hoạch thanh tra, kiểm tra là một công việc quan trọng, hiệu quả thanh tra, kiểm tra có được là nhờ công tác lập kế hoạch chọn được những ĐTNT có khả năng thất thu thuế cao nhất.Việc lựa chọn ĐTNT để đưa vào kế hoạch thanh tra, kiểm tra dựa vào các tiêu thức rủi ro thông qua phân tích thông tin về doanh nghiệp. Kế hoạch thanh tra, kiểm tra phải gửi Tổng Cục thuế trước ngày 30/11 hàng năm, vì vậy việc thu thập thông tin phải được thực hiện từ Quí III năm trước; chưa có phần mềm phân tích dữ liệu lịch sử nên việc phân tích chỉ dựa vào việc phân tích thủ công như vậy cơ sở lựa chọn đối tượng thanh tra, kiểm tra chỉ dựa vào cảm tính và ý chí chủ quan của công chức thanh tra.
Công việc chuẩn bị thanh tra, kiểm tra phải phân tích chuyên sâu về doanh nghiệp nhưng phải chờ hết thời gian gửi quyết toán thuế năm mới tiến hành phân tích dữ liệu của năm cần kiểm tra nên việc thanh tra, kiểm tra sẽ chậm tiến độ thực hiện, không đảm bảo về số lượng và chất lượng thanh tra.
(Hai): Thời gian cần thiết để lập biên bản kiểm tra, thanh tra chưa xác định chính xác:
Theo quy trình chỉ quy định thời gian lập biên bản kiểm tra chính thức là ba ngày so với biên bản kiểm tra dự thảo, biên bản chính thức cho một cuộc thanh tra là 20 ngày so với thời gian dự thảo thanh tra nhưng lại không qui định thời gian lập biên bản dự thảo cho một cuộc thanh tra, kiểm tra là bao nhiêu ngày. Vì vậy, qui trình chưa bao quát được hết các qui định trong các văn bản liên quan về thanh tra, kiểm tra (chưa phù hợp với điều 15, điều 25, điều 27 Nghị định 61/1998/NĐ-CP ngày 15/8/1998 qui định thời gian dụ thảo nằm trong thời hạn thanh tra, kiểm tra).
(Ba): Qui trình có chú trọng công việc kiểm tra tại cơ quan thuế nhưng chỉ xem
là một công đoạn của kiểm tra tại doanh nghiệp nên phần lớn các cuộc thanh tra, kiểm tra đều kết thúc tại cơ sở kinh doanh, do vậy mất nhiều thời gian cho việc doanh nghiệp phải tiếp đoàn thanh tra, kiểm tra nhiều lần (ở cơ quan thuế và ở tại doanh nghiệp). Vì
vậy ít nhiều sẽ gây phiền hà, khó khăn cho những doanh nghiệp chấp hành tốt pháp luật Nhà nước.
(Bốn): Báo cáo kết quả thanh tra, kiểm tra quá nhiều, trùng lắp:
Biểu mẫu qui định quá chi tiết, mất nhiều thời gian thay vì chỉ nên định hướng về việc sửa đổi chính sách thuế thông qua công tác kiểm tra, thanh tra phát hiện bất hợp lý là được.