BV Nhi Trung Ương là một đơn vị HCSN. Bộ máy quản lý của BV đợc tổ chức theo mô hình trực tuyến. Đứng đầu là Ban Giám đốc dới là các phòng ban. Điều này đợc thể hiện qua mô hình sau:
Ban Giám đốc của BV gồm 1giám đốc và 4phó giám đốc. Đứng đầu là Giám đốc, 4phó Giám đốc mỗi ngời phụ trách một phòng: Phòng tổ chức, phòng kế hoạch tổng hợp, phòng kế toán, phòng chỉ đạo tuyến. Dới các phòng là các khoa, đứng đầu là tr- ởng khoa.
- Giám đốc: Là ngời đứng đầu bộ máy lãnh đạo của BV, chịu hoàn toàn trách nhiệm trớc pháp luật, trớc Nhà nớc, trớc Bộ Y tế về mọi hoạt động của BV. Giám đốc đợc quyền quyết định phơng án tổ chức hoạt động và tổ chức bộ máy của BV; tổ chức điều hành thực hiện nhiệm vụ kế hoạch đã đợc cấp trên phê duyệt.
- Phó giám đốc phụ trách phòng tổ chức: Có nhiệm vụ quản lý về nhân lực và các mặt về tổ chức khác.
- Phó giám đốc phụ trách phòng kế hoạch tổng hợp: Phụ trách kiểm soát các hồ sơ bệnh án của bệnh nhân.
- Phó giám đốc phụ trách phòng kế toán: Là ngời tham mu cho Giám đốc về công tác tài chính kế toán đồng thời phản ánh kịp thời, chính xác các nghiệp vụ kinh tế phát sinh trong BV.
- Phó giám đốc phụ trách phòng chỉ đạo tuyến: Đào tạo, hớng dẫn cách điều trị bệnh nhân ở tuyến dới.
Dới các phòng, ban là các khoa. Mỗi khoa có một chức năng, nhiệm vụ khác nhau. Ví dụ khoa phục hồi chức năng là khám và điều trị các bệnh nhi khi mới sinh
ra đã có những dị tật bẩm sinh nh liệt, trí não chậm phát triển…. Hoặc nh khoa dợc
phụ trách về việc cung cấp thuốc cho bệnh nhân….