Trong quá trình hoạt động, từng con ng−ời hay tập thể đều xác định cho mình một mục tiêu. Từ mục tiêu đó, định hình tổ chức phù hợp để thực hiện có hiệu quả nhất mục tiêu đó. Vì vậy, tổ chức là công cụ để thực hiện mục tiêu. Mục tiêu của HTXTM càng rõ ràng thì thiết kế tổ chức càng thuận lợi và vận hành tổ chức đạt đến mục tiêu sẽ "thuận buồm xuôi gió" và đạt hiệu quả cao nhất, tổ chức là ph−ơng tiện để đạt mục tiêu, song do nhận thức không đầy đủ về vai trò của tổ chức đã nhầm lẫn coi tổ chức là mục tiêu.(Ví dụ: khi xem xét đánh giá một hợp tác xã có lúc xem tỷ lệ số nông dân vào HTX là mục tiêu, hay nói cách khác lấy mục tiêu là hộ nông dân vào hợp tác xã, không xem xét hiệu quả mang lại, không xem HTX là công cụ đạt năng suất và hiệu quả cao hơn so với cá thể.)
Để xác định hiệu quả của tổ chức, phải xác định 3 yếu tố: yếu tố đầu vào, yếu tố quản lý vận hành (hoạt động) và yếu tố kết quả của tổ chức. Sự chênh lệch yếu tố kết quả, và yếu tố đầu vào là hiệu quả của tổ chức, hiệu quả đó đ−ợc đảm bảo bằng yếu tố quản lý, vận hành của ng−ời lãnh đạo tổ chức. Đối với HTX sản xuất kinh doanh hiệu quả này đ−ợc tính bằng tiền. Mục tiêu rõ ràng và tính hiệu quả của tổ chức là qui luật khách quan khống chế cấu trúc và ph−ơng thức hoạt động của tổ chức . Ng−ời đứng đầu tổ chức HTX có vai trò rất quan trọng khi vận hành qui luật vào xây dựng tổ chức của mình. Khi xác định sai lệch mục tiêu sẽ làm cho tổ chức của HTX kém hiệu quả và có thể làm suy giảm hiệu quả, suy giảm hệ thống tổ chức.
Tổ chức có quan hệ chặt chẽ với hoạt động và hoạt động là điều kiện tồn tại của tổ chức. Tổ chức cũng nh− cơ thể sống, sự vận động là lẽ sống của nó, tổ chức thiết kế để thực hiện mục tiêu, quá trình thực hiện mục tiêu là quá trình hoạt động của tổ chức. Nếu tổ chức không vận động và vận động không có hiệu quả thì không có gì đạt đ−ợc mục tiêu; Điều này đ−ợc biểu hiện ở mối quan hệ gữa sự tồn tại và phát triển của HTX .
Tổ chức và hoạt động luôn luôn gắn bó với nhau. Tổ chức ở đây không chỉ là tổ chức bộ máy quản lý hành chính mà còn hiểu rộng hơn là tổ chức các hoạt động, quá trình hoạt động của các hệ thống cũng chính là quá trình tổ chức,
là quá trình hình thành và phát triển các ph−ơng thức hoạt động phù hợp với mỗi loại hình tổ chức kinh tế. Tổ chức bộ máy quản lý điều hành nằm trong cấu trúc của hệ thống tổ chức đ−ợc hình thành trên cơ sở mục tiêu, nh−ng còn phụ thuộc vào nội dung hoạt động. Nội dung hoạt động thế nào thì tổ chức điều hành bộ máy nh− thế.