α-amylase, đây là enzyme được nghiên cứu nhiều nhất, từ bất kỳ giống
Bacillus nào, được nhân dạng là phải có phân tử lượng trung bình là 48.000, dường
như có một giống mới được cô lập gần đây tạo ra enzyme có phân tử lượng đạt đến 60.000. Trong phân tử chứa nhiều acid aspartic, glutamic acid, tyrosine và lysine theo thứ tự giảm dần và không có cysteine, rất ít methionine và một lượng thấp histidin, proline và isoleucine. Nó nhị trùng hoá khi có mặt của Zn2+.
2 monomer + Zn2+ −−> dimer
K = --- = 2.2 x 109 --- [monomer]2 [Zn2+] mol2
Khi thay đổi pH từ 6 hoặc thêm EDTA sẽ gây ra sự chuyển đổi từ dimer thành monomer.
Có một vài sự tranh luận về vấn đền trên, điều này có thể sẽ hình thành α- amylase có cấu trúc phân tử thấp khoảng 24.000 dalton. Connellan và Shaw chứng minh rằng tồn tại như vậy là do sự sắp xếp các peptide, và Mitchell nó được hình thành bằng việc xử lý các monomer với 6M guanidine HCl. Robyt và Ackerman bằng cách thay đổi dãy pH và xử lý với EDTA, thu được một lượng chất không tan, một nữa chứa kẽm dạng hoà tan có phân tử lượng 144.000, 96.000, 72.000, và 48.000 dalton và dạng kẽm tự do có phân tử lượng 48.000 và 24.000 dalton. Ở dạng 24.000 dalton có hoạt động rất thấp, nhưng dạng 96.000 dalton có hoạt động cao nhất và ở các dạng phân tử lượng khác thì có hoạt động trung bình. Tuy nhiên, sự phân tích chuỗi amino acid cuối của α-amylase mà góc CNBr được tách ra, chứng tỏ rằng không thể có đúng phân tử lượng 24.000 dalton.
Đã từ lâu người ta biết rằng, hầu hết các dạng α-amylase đòi hỏi những lượng ion Ca2+ khác nhau cho sự ổn định. Thên vào đó, ion Ca2+ làm tăng hoạt tính của enzyme. Sự thay đổi ion Ca2+ bằng EDTA được thực hiện bằng cách cho thêm lượng ion Ca2+ đến khi đủ để kích hoạt enzyme, lượng này xấp xỉ khoảng 4 ion Ca2+ trên mol enzyme, thì hoạt tính và sự ổn định của enzyme sẽ đạt cao nhất. Không giống như các α-amylase khác, khi enzyme B. amyloliquefaciens không có cầu nối disulfur thì ion Ca2+ có thể liên kết các phần của phân tử enzyme lại với nhau và làm cho enzyme được ổn định
B. amyloliquefaciens α-amylase có dãy pH tối thích cho hoạt động là giữa 5.5 –
6.5. Hoạt động mạnh nhất ở khoảng nhiệt độ trên dưới 650C. Nó hầu như ổn định trong khoảng pH từ 5.5 – 9.5 và được ổn định không chỉ bởi ion Ca2+ mà còn bởi chất
nền (cơ chất).