Lịch sử hình thành VQG Ba Bể được tính từ năm 1977 theo Quyết Định số 41-TTg ngày 24/1/1977 của Thủ tướng Chính phủ chính thức công nhận Ba Bể là khu văn hoá lịch sử. Quan điểm trên được tái khẳng định trong Nghị Định 194/CP, ngày 9/8/1986 của Chủ tịch HĐBT giao cho Bộ Lâm Nghiệp và các cơ quan chức năng tiến hành khảo sát và xây dựng dự án đầu tư cho Ba Bể thành VQG.
Năm 1992, Viện Điều tra quy hoạch rừng đã hoàn thành việc xây dựng dự án đầu tư thành lập VQG Ba Bể. Dự án đã được Chính phủ phê duyệt và VườnQuốc gia Ba Bể được chính thức thành lập từ 10/11/1992 theo quyết định số 83/TTg của Thủ tướng Chính phủ. Chức năng nhiệm vụ của Vườn là: bảo tồn các nguồn gen động, thực vật, các hệ sinh thái, cảnh quan môi trường; tổ chức, quản lý, phục vụ nghiên cứu khoa học, du lịch dịch vụ.
Theo các nhà địa chất, Vườn Quốc gia Ba Bể nằm trong vùng caxtơ Chợ Rã Ba Bể - Chợ Đồn, gồm khối đá vôi Givet (kỷ Đề vôn giữa) nằm trên phiến đá Protezel và bên cạnh là khối đá hoa cương đã trải qua chế độ lục địa khoảng 200 triệu năm. Điều này khẳng định sự già nua của địa hình caxtơ ở đây khác với những nơi khác. Độ cao trung bình của núi đá vôi là 800 - 900 m so với mặt biển và quá trình diễn biến địa chất phức tạp vẫn tiếp tục xảy ra.
Trước đây, Vườn Quốc Ba Bể thuộc tỉnh Cao Bằng, sau khi tái lập tỉnh, Vườn nằm trên địa bàn tỉnh Bắc Kạn (1997). Từ năm 1997 đến năm 2002, Vườn Quốc gia Ba Bể chịu sự quản lý trực tiếp của Bộ Nông Nghiệp & Phát triển Nông thôn. Đến cuối năm 2002, VQG Ba Bể được giao cho UBND tỉnh Bắc Kạn quản lý (Quyết định số 51/2002/QĐ-TTg ngày 17/4/2002 của Thủ tướng Chính phủ v/v chuyển VQG Ba Bể thuộc Bộ NN và PTNT về UBND tỉnh Bắc Kạn quản lý). Hiện nay, tổng số cán bộ nhân viên của Vườn có 65 người, cùng với 20 lao động hợp đồng. Giúp việc cho Ban quản lý có các đơn vị trực thuộc là Hạt kiểm lâm, Trung tâm du lịch, và các phòng chức năng. Tại khu trung tâm Vườn đã có hệ thống đường giao thông đi lại
tốt, có cơ sở vật chất đảm bảo yêu cầu làm việc của Ban quản lý. Hiện có tất cả 11 trạm kiểm lâm bảo vệ rừng được bố trí tại các điểm quan trọng ở trong và dọc theo ranh giới Vườn.
Trong kế hoạch Hành động ĐDSH (1994) đã đề xuất mở rộng VQG Ba Bể lên 50.000 ha. Năm 1995, dự án đầu tư mở rộng Vườn được xây dựng với diện tích đề nghị là 23.340 ha. Tuy nhiên cho đến nay dự án này vẫn chưa được Bộ NN&PTNN phê duyệt. Trong danh sách các khu rừng đặc dụng Việt Nam quy hoạch đến năm 2010, diện tích của VQG Ba Bể đề xuất là 23.340 ha, trong đó có 13.373 ha rừng tự nhiên.
Trong Vườn có các dân tộc Tày, Nùng, Dao, H’Mông, và Kinh sinh sống lâu đời tại các bản làng xung quanh (vùng đệm) và bên trong Vườn, đan xen trong các thung lũng núi đá vôi và bên bờ hồ. Hoạt động kinh tế chính của họ là canh tác lúa nước. Tuy nhiên diện tích ruộng không đủ. Nhiều người trong số họ vẫn lén lút kiếm sống bằng các hoạt động săn bắt, khai thác lâm sản trái phép trong VQG. Bên cạnh đó là các hoạt động mưu sinh tương tự của những cộng đồng sinh sống ở vùng đệm, nhất là các thôn bản nằm dọc theo các đường chính dẫn vào vùng trung tâm Vườn.
Điểm nhấn của VQG Ba Bể là Hồ Ba Bể. Hồ Ba Bể là địa điểm du lịch khá nổi tiếng, hàng năm đã thu hút rất nhiều khách du lịch trong và ngoài nước đến tham quan và nghỉ dưỡng. Cùng với hệ thống sông suối trong vùng, hồ Ba Bể còn đóng vai trò quan trọng đối với sự giao lưu đi lại của người dân địa phương. Hồ cũng là nơi cung cấp nguồn thuỷ sản quan trọng cho nhân dân địa phương và giữ vai trò to lớn trong việc điều tiết lũ sông Năng. Hồ Ba Bể có nhiều chức năng kinh tế và môi trường quan trọng đối với các địa phương trong vùng và các vùng lân cận.
Do tăng cường công tác quản lý bảo vệ nên rừng đang được phục hồi, chiếm trên 85% diện tích. Số lượng các loài chim thú xuất hiện ngày càng nhiều. Bên cạnh các loài động, thực vật quý hiếm tìm thấy trước đây, nay đã xuất hiện Voọc đen má trắng ven hồ và dọc sông Năng. Tuy nhiên, do có nhiều dân cư sống xen kẽ trong vùng lõi và xung quanh Vườn, đời sống kinh tế chưa được cải thiện, tập quán canh tác lạc hậu nên đã tạo sức ép khá lớn từ phía cộng đồng đối với công tác bảo tồn VQG.
Vườn cũng đang tiến hành đầu tư xây dựng các công trình cơ bản phục vụ bảo tồn và dân sinh như làm đường giao thông ở vùng đệm giúp dân ở 3 xã phía Tây không phải đi xuyên qua Vườn, nâng cấp tuyến đường tuần tra bảo vệ kết hợp du lịch sinh thái. Tuy nhiên, cơ sở hạ tầng và trang thiết bị vẫn chưa đáp ứng yêu cầu quản lý bảo vệ. Trình độ cán bộ nhân viên của Vườn trên các lĩnh vực được phân công còn nhiều hạn chế. Các chương trình điều tra nghiên cứu, giám sát sinh cảnh và đa dạng sinh học chưa được triển khai thường xuyên.
Cuối năm 2004, Vườn quốc gia Ba Bể cùng với ba Vườn Quốc gia khác của Việt Nam là Hoàng Liên ở Lào Cai, Chư Mom Ray ở Kon Tum và Kon Ka Kinh ở Gia Lai được công nhận là Vườn di sản ASEAN. Đây là một danh hiệu có giá trị về phát triển du lịch, nghiên cứu khoa học, văn hóa, giáo dục của ASEAN.