Năm 2008, Phòng kiểm tra đã tiến hành kiểm tra thu BHXH, BHYT tại 08 đơn vị SDLĐ, hầu hết các đơn vị chấp hành nghiêm túc công tác trích nộp BHXH,
BHYT, báo cáo tăng, giảm lao động kịp thời, nộp đúng kỳ hạn. Kiểm tra việc thực hiện các chế độ ốm đau, thai sản, nghỉ dưỡng sức phục hồi sức khoẻ tại 08 đơn vị phát hiện tại Công ty cổ phần XD II Sơn La; Công ty CPXSVLXD số 1 Sơn La; Công ty chè Mộc Châu, Phòng giáo dục đào tạo huyện Yên Châu, các đơn vị này còn thực hiện việc chi trả các chế độ ốm đau, thai sản sai quy định số tiền phải thu hồi là 65.275.000 đồng. Công tác tiếp nhận và giải quyết đơn thư khiếu nại, tố cáo của công dân: Đã tiếp nhận 297 đơn; trong đó khiếu nại 06 đơn; tố cáo 11 đơn; xin hưởng lại trợ cấp MSLĐ 29 đơn; hỏi chế độ chính sách 54 đơn; còn lại là đơn khác Bảohiểm xã hội tỉnh đã giải quyết dứt điểm theo thẩm quyền. Bảo hiểm xã hội các huyện, thành phố đã làm tốt công tác tự kiểm tra. Như BHXH huyện Sốp Cộp, Mường La thẩm định thanh quyết toán chi phí KCB và đã phát hiện việc sử dụng kinh phí KCB của Bệnh viện Đa khoa sai quy định, đề nghị xuất toán 16.797.733 đồng.
Năm 2009 Bảo hiểm xã hội tỉnh đã tổ chức kiểm tra công tác trích nộp BHXH, BHYT, thanh quyết toán các chế độ BHXH, BHYT tại 10 đơn vị đó là: Trường đại học Tây Bắc, Phòng giáo dục đào tạo thành phố Sơn La, Cty cổ phần tư vấn đầu tư giao thông Sơn La, Cty cổ phần cấp nước Sơn La, Phòng Giáo dục Đào tạo huyện Sốp Cộp, Cty TNHH Nhà nước 1 thành viên Môi trường đô thị Sơn La, Phòng Giáo dục Đào tạo huyện Bắc Yên, Cty cổ phần Đầu tư và XD Mộc Châu, Cty cổ phần Mía đường. Qua công tác kiểm tra, nhìn chung các đơn vị đã thực hiện nghiêm túc việc trích nộp BHXH, BHYT và thanh quyết toán các chế độ BHXH, BHYT cho người lao động.Bảo hiểm xã hội tỉnh đã phối hợp với Sở y tế Sơn La kiểm tra thanh quyết toán chi phí KCB tại Bệnh viện Đa khoa huyện Sốp Cộp; Bệnh viện lao và bệnh phổi Sơn La. Qua kiểm tra Bệnh viện huyện Sốp Cộp thanh toán chi phí KCB sai chế độ với số tiền 10.277.279 đồng.Kiểm tra việc thực hiện thanh quyết toán chế độ ốm đau, thai sản, dưỡng sức phục hồi sức khoẻ 10 đơn vị phát hiện thanh toán sai quy định và quyết định thu hồi số tiền 55.904.278 đồng.Công tác xử lý sau kiểm tra: qua các đợt kiểm tra BHXH tỉnh đã truy thu tiền BHXH, BHYT của Cty TNHHNN 1 thành viên Môi trường Đô thị với số tiền là: 30.031.000 đồng; thu hồi tiền thanh toán sai chế độ ốm đau, thai sản của 2 đơn vị (Phòng Giáo dục và Đào tạo huyện Sốp Cộp và Công
ty cổ phần Mía đường Sơn La) với số tiền 25.500.578 đồng, đồng thời thoái trả
842.400 đồng tiền BHXH, BHYT do thu thừa tại trường Đại học Tây Bắc. Thực hiện tiếp 40 lượt công dân và giải quyết kịp thời 131 đơn thư khiếu nại, tố cáo theo quy định; trong đó hỏi chế độ 67 đơn, đề nghị hưởng tiếp chế độ 23 đơn, khiếu nại 07
đơn, tố cáo đối tượng khai man thời gian công tác và tuổi đời để hưởng ché độ BHXH 09 đơn, đơn khác 25 đơn.