Mô hình tổ chức bộ máy của Cục Hải quan tỉnh Quảng Ninh phân theo chức năng và tập quyền. Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh Quảng Ninh là người đứng đầu, có quyền lực cao nhất, chịu trách nhiệm trước Tổng cục Hải quan về toàn bộ hoạt động của Cục Hải quan tỉnh Quảng Ninh. Giúp việc cho Cục trưởng là 04 Phó Cục trưởng.
Các đơn vị hải quan thuộc Cục Hải quan tỉnh Quảng Ninh được phân nhóm theo chức năng, cụ thể:
- Nhóm các Chi cục Hải quan:
+ Thực hiện thủ tục Hải quan, kiểm tra, kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, chuyển cửa khẩu, quá cảnh và phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh theo quy định của pháp luật.
+ Thực hiện các biện pháp nghiệp vụ cần thiết để chủ động phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới trong phạm vi địa bàn hoạt động.
+ Thực hiện kiểm tra sau thông quan theo quy định của pháp luật.
- Nhóm các Đội, Trạm Kiểm soát: Thực hiện nhiệm vụ đấu tranh phòng, chống buôn lậu, vận chuyển hàng hóa, chất ma túy trái phép qua biên giới.
- Nhóm các đơn vị tham mưu: Giúp việc Lãnh đạo Cục trong việc hướng dẫn, chỉ đạo, điều hành các nghiệp vụ hải quan liên quan.
(Nguồn: Văn phòng Cục Hải quan tỉnh Quảng Ninh)
Về các Chi cục Hải quan cửa khẩu thực hiện TTHQĐT, hiện tại, Cục Hải quan có 03 Chi cục Hải quan cửa khẩu đường bộ là Chi cục Hải quan cửa khẩu Móng Cái, Chi cục Hải quan cửa khẩu Hoành Mô, Chi cục Hải quan Bắc Phong Sinh; 04 Chi cục Hải quan cửa khẩu đường biển là Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Hòn Gai, Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Cẩm Phả, Chi cục Hải quan cảng Cái Lân, Chi cục Hải quan Vạn Gai đã thực hiện TTHQĐT.
2.1.3. Đặc điểm địa bàn quản lý
Quảng Ninh là tỉnh miền núi, biên giới, hải đảo, nằm ở phía Đông Bắc của Tổ quốc; phía Bắc và phía Đông Bắc giáp tỉnh Quảng Tây Trung Quốc với biên giới dài 132,8 km, phía Tây Bắc giáp tỉnh Lạng Sơn, phía Tây giáp các tỉnh Bắc Giang, Bắc Ninh, Hải Dương, thành phố Hải Phòng, phía Đông và phía Nam giáp vịnh Bắc Bộ.
Với vị trị địa lý như vậy, Quảng Ninh là tỉnh có hệ thống giao thông thuận lợi làm tiền đề cho phát triển giao thương với thế giới và là đầu mối XNK phục vụ nhu cầu sản xuất tiêu dùng trong nước.
Về kinh tế xã hội, Quảng Ninh là một tỉnh của vùng kinh tế trọng điểm phía Bắc, nằm trong tam giác kinh tế Hà Nội- Hải Phòng- Quảng Ninh, là đầu mối giao thương giữa hai nước Việt Nam – Trung Quốc và các nước trong khu vực. Năm 2010, Quảng Ninh xếp thứ 5 cả nước về thu ngân sách nhà nước sau thành phố Hồ Chí Minh, Hà Nội, Bà Rịa – Vũng Tàu và Hải Phòng.