Tổ chức bộ máy KBNN nên được cơ cấu sao cho tinh gọn, hiện đại, hoạt động chuyên nghiệp và có hiệu quả. Cụ thể như sau:
Hiện nay, do số lượng các dự án tăng lên rất nhanh, vốn đầu tư XDCB cần kiểm soát thanh toán hàng tháng là rất lớn, đặc biệt là tại các thành phố lớn, nên tại các địa bàn trọng điểm, có thể thành lập 2 phòng thanh toán VĐT. Trong đó quy định rõ trách nhiệm và quyền hạn của từng phòng là kiểm soát thanh toán loại vốn nào, vốn TW hay vốn địa phương. Còn tại các địa phương khác chỉ cần 1 phòng thanh
toán vốn. Thêm vào đó trong 1 phòng, nên phân định trách nhiệm với từng cán bộ thanh toán. Mỗi người đảm nhận những loại dự án thuộc các Bộ hoặc địa phương nhất định. Việc chuyên môn hóa ngay cả trong kiểm soát thanh toán vốn sẽ góp phần làm tăng tính hiệu quả trong công việc, rút ngắn thời gian thực hiện, đồng thời xác định được rõ trách nhiệm của từng người trong quá trình làm việc. Ngoài ra, sẽ thuận tiện và hiệu quả hơn cho việc cử cán bộ đi thực tiễn tại địa phương mà mình đảm nhận hoặc cử cán bộ đi học tập chuyên sâu về lĩnh vực dự án mình phụ trách.
Ngoài ra có thể cơ cấu lại các KBNN địa phương theo hướng thành lập một số Kho bạc theo khu vực, theo địa giới hành chính, sắp xếp và hợp lý hóa nguồn nhân lực KBNN ở cả TW lẫn địa phương phù hợp với từng chức năng, nhiệm vụ, cơ chế quản lý cụ thể. Điều này sẽ giúp cho quy trình kiểm soát thanh toán được thực hiện nhanh chóng và chặt chẽ hơn.