Cán bộ thanh toán đóng vai trò nòng cốt trong việc thực hiện công tác thanh toán VĐT. Hơn nữa hoạt động này rất phức tạp và có tính chuyên môn cao, bởi vậy muốn nâng cao tính hiệu quả trong việc kiểm soát thanh toán vốn việc nâng cao chất lượng đội ngũ cán bộ là điều vô cùng cần thiết. Đề nâng cao trình độ đội ngũ kiểm soát thanh toán vốn, cần tổ chức các lớp đào tạo chuyên ngành, đào tạo kỹ năng để nâng cao tính chuyên nghiệp trong công tác. Người lãnh đạo phải am hiểu và thông thạo ở mức cần thiết về nghiệp vụ kiểm soát thanh toán VĐT để giải quyết hoặc đề suất các biện pháp ý kiến với cấp trên. Cần có kế hoạch đổi mới nội dung, chương trinh đào tạo bồi dưỡng cán bộ chú trọng nâng cao kiến thực, kỹ năng, nghiệp vụ cho đội ngũ cán bộ, đặc biệt là các cán bộ trẻ. Ngoài ra, nên tổ chức các buổi trao đổi, tọa đàm trực tiếp cho các cán bộ thanh toán để trao đổi kinh nghiệm, đề xuất nguyện vọng sao cho tăng tính hiệu quả trong công việc. Bên cạnh việc đào tạo về chuyên môn liên quan đến công tác kiểm soát thanh toán vốn, cán bộ thanh toán cũng cần phải được bồi dưỡng cập nhật thường xuyên về các văn bản pháp luật, các chế độ mới liên quan đến quản lý đầu tư, xây dựng, được đào tạo về công tác lập dự án, lập dự toán, khuyến khích tự trang bị các kiến thức xã hội cần thiết, từ đó mới có thể đưa
ra những quyết định chính xác, giảm thiểu rủi ro, thất thoát, lãng phí trong đầu tư XDCB.